小編之前寫過一篇使用“ggtree" 快速美化進(jìn)化樹的文章（使用ggtree對進(jìn)化樹進(jìn)行分組美化 - 簡書），但是有好多同學(xué)反映不會使用R語言，很難讀懂那些代碼。于是，小編又仔仔細(xì)細(xì)研究了一下經(jīng)常使用的iTOL，意外發(fā)現(xiàn)，它也可以快速、批量化地完成一些個(gè)性化美化！不會使用R語言的同學(xué)們可以簡單上手！
首先，我們進(jìn)入iTOL（http://itol.embl.de/），完成簡單注冊后即可使用。
點(diǎn)擊“My Trees”后，選擇“Upload tree files”上傳自己的樹文件。
之后點(diǎn)擊自己上傳的進(jìn)化樹，進(jìn)入操作頁面。
在控制列表里，用戶可以根據(jù)自己的需求調(diào)整進(jìn)化樹的展示方式、標(biāo)簽字體、顏色、線條粗細(xì)等等……（具體的功能大家可以自己嘗試）
還可以左鍵點(diǎn)擊進(jìn)化樹上的標(biāo)簽或者枝干調(diào)整相應(yīng)的名稱、字體、顏色以及刪除不要的分支。
進(jìn)行完這些微調(diào)之后，小編就要教大家如何批量修改進(jìn)化樹啦！
批量修改的方式很簡單，只需將參數(shù)文件保存為txt格式拖入進(jìn)化樹界面即可！
本文以修改進(jìn)化樹的顏色為例：
# 修改類型TREE_COLORS# 分隔符類型（此處為逗號分隔，也可以使用TAB或者空格分隔，具體查看官方文檔）SEPARATOR COMMADATA# 修改標(biāo)簽顏色NODE_ID,label,COLOR,label_style(normal為普通，bold為加粗，italic為斜體，bold-italic為加粗并且斜體),label_size# 例如，我想修改標(biāo)簽NU_1008為藍(lán)色，且加粗字體，字體大小為2NU_1008,label,#0000ff,bold,2# 為標(biāo)簽添加背景色NODE_ID,range,COLOR# 例如，我想為標(biāo)簽NU_1008添加淡紫色背景NU_1008,range,rgba(200,200,255,0.8)# 例如，我想為NU_1008至NU_1018之間的標(biāo)簽添加淡紫色背景NU_1008|NU_1018,range,rgba(200,200,255,0.8)# 修改分支顏色NODE_ID,branch,COLOR,branch_style(normal為實(shí)線，dashed為虛線),branch_size# 例如，我想修改標(biāo)簽為NU_1008的分支為藍(lán)色，且把分支設(shè)置成寬為2的虛線NU_1008,branch,#0000ff,dashed,2
我們把所有要更改的部位根據(jù)模板格式要求進(jìn)行整理，然后拖入進(jìn)化樹修改界面，即可完成修改！
不知道所要修改的顏色編號時(shí)，可以在調(diào)色板中查詢！
當(dāng)然，我們這篇文章只是“拋磚引玉”，iTOL還有更加豐富的功能，比如添加標(biāo)記、與其他類型的圖結(jié)合等等……具體的參數(shù)格式要求，在iTOL的網(wǎng)站上均有說明。
iTOL官方文檔地址：
http://itol.embl.de/help.cgi
如，我們想要在標(biāo)簽后面添加domain。
我們就可以在官方文檔中找到對應(yīng)的模板文件，然后根據(jù)模板內(nèi)容進(jìn)行相應(yīng)的數(shù)據(jù)整理，即可實(shí)現(xiàn)我們的目標(biāo)。
這樣，我們就不需要鉆研R語言代碼，便可根據(jù)自己的需求美化進(jìn)化樹啦！
此外，iTOL官方還有視頻教程，有興趣的同學(xué)可以看一下！
http://itol.embl.de/video_tutorial.cgi
參考資料：
http://itol.embl.de/help.cgi
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