切割fasta的幾種方法

1.samtools:

samtools faidx mm10.fa chr1 > chr1.fa

2.awk:

awk '/^>/ { gsub(">","",$1)

? ? ? ? ? ? FILE=$1 ".fa"

? ? ? ? ? ? print ">" $1 >> FILE

? ? ? ? ? ? next}

? ? ? ? ? { print >> FILE }' hg38.fa

3.csplit and sed:

csplit -s -z mm10.fa '/>/' '{*}'

for i in xx* ; do \

? n=$(sed 's/>// ; s/ .*// ; 1q' "$i") ; \

? mv "$i" "$n.fa" ; \

done

4.我的理論上可行的使用sed:

sed -n '/>chr1/,/>chr2/p' mm10.fa | sed '$d' > chr1.fa

理由:

但是！用這個命令并沒切出來……

希望大家有知道原因的評論里指點下呦，蟹蟹啦！


ref: Spliting a fasta file to chromosomes (BioInfo Unix Tricks) - Crash Course By Assaf Gordon

ref2: SED單行腳本快速參考

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