這次想好了好好學習，下來血本，按照推薦配了一臺個人的服務器。這周剛剛點亮。工作站主機E5-2683 V3正式版CPU28核56線程雙路E5服務器。
主板：超微X10DAI
CPU： E5-2683 V3? x2
內(nèi)存：三星 REG DDR4 16G
硬盤：2T 機械硬盤
亮卡機：GT 610 淘寶二手65元包郵
組裝好后，快遞回來的。這部分的費用是10200+65￥的費用。。。
回來買了一臺27寸的三星顯示器 1599￥，買了VGI的連接線35。。。
借著下班回來的的短暫時間，試了機器感覺還是很不錯?；貋睃c亮了機器，詫異的是插上網(wǎng)線，并未填寫過密碼，電腦直接就可以聯(lián)網(wǎng)了。一起下來12000￥。剛剛開始還是不習慣linux的系統(tǒng)。不停地在筆記本上和臺式的linux系統(tǒng)上不停地切換。
按照Bio-star上的說明。運行了doctor.py.
最開始的15個13個顯示error。反復倒騰過后開始慢慢了解怎么安裝轉(zhuǎn)件?，F(xiàn)在還在9個error。其實家里的網(wǎng)也不慢，發(fā)現(xiàn)linux的下載速度都是超級慢，再裝hisat2時，只有32M，卻下載了整整80min。簡直罪過了。以前只知道找分析的人要什么樣的圖，現(xiàn)在發(fā)現(xiàn)大家都不容易。干分析和做實驗還是很像的，都有一個protocol，一步一步慢慢走才行。目前我按還是照生信媛的biostar課程慢慢開始吧。
admin1@hyl:~$ mkdir -p ~/bin
admin1@hyl:~$ curl http://data.biostarhandbook.com/install/doctor.py>~/bin/doctor.py
% Total ?? % Received % Xferd? Average Speed ? Time ?? Time ? ? Time? Current
Dload? Upload ? Total ? Spent ?? Left? Speed
100? 3570? 100? 3570 ?? 0 ? ? 0 ?? 976 ? ?? 0? 0:00:03? 0:00:03 --:--:-- ? 976
admin1@hyl:~$ chmod +x ~/bin/doctor.py
admin1@hyl:~$? ~/bin/doctor.py
# Doctor! Doctor! Give me the news.
# The ~/bin folder is not in your PATH!
# Checking 15 symptoms...
# Missing program: bwa
# Missing program: datamash
# Missing program: fastqc
# Missing program: hisat2
# Missing program: seqret
# Missing program: subread-align
# Missing program: featureCounts
# Missing program: R
# Missing program: efetch
# Missing program: esearch
# Missing program: samtools
# Missing program: fastq-dump
# Optional program not found: wonderdump
# Optional program not found: global-align.sh
# Optional program not found: local-align.sh
# Your system shows 13 errors.
# See also: doctor.py --fixme
admin1@hyl:~$ PATH=$PATH:~/bin
admin1@hyl:~$ doctor.py --fixme
?
?
cd ~/biosoft
mkdir HISAT&&cd HISAT
wget ftp://ftp.ccb.jhu.edu/pub/infphilo/hisat2/downloads/hisat2-2.0.4-Linux_x86_64.zip
unzip hisat2-2.0.4-Linux_x86_64.zip
ln -s hisat2-2.0.4? current
?
cd ~/biosoft
mkdir HTSeq&&cd HTSeq
wget? https://pypi.python.org/packages/72/0f/566afae6c149762af301a19686cd5fd1876deb2b48d09546dbd5caebbb78/HTSeq-0.6.1.tar.gz
tar zxvf HTSeq-0.6.1.tar.gz
cd HTSeq-0.6.1
python setup.py install --user
~/.local/bin/htseq-count? --help
?
admin1@hyl:~$ doctor.py
# Doctor! Doctor! Give me the news.
# Checking 15 symptoms...
# Missing program: bwa
# Missing program: datamash
# Missing program: fastqc
# Missing program: hisat2
# Missing program: seqret
# Missing program: subread-align
# Missing program: featureCounts
# Missing program: samtools
# Missing program: fastq-dump
# Optional program not found: wonderdump
# Optional program not found: global-align.sh
# Optional program not found: local-align.sh
# Your system shows 9 errors.
# See also: doctor.py --fixme
admin1@hyl:~$ doctor.py --fixme
