Zhang, Y., Kang, M. S., & Lamkey, K. R. (2005). DIALLEL-SAS05: A comprehensive program for griffing’s and Gardner-Eberhart Analyses. Agronomy Journal, 97(4), 1097. http://doi.org/10.2134/agronj2004.0260

Diallel交配設(shè)計(jì)為育種者提供了有用的遺傳信息，如一般組合能力（GCA）和特異性組合能力（SCA），以幫助他們?cè)O(shè)計(jì)合適的育種和選擇策略。在這里，我們報(bào)告了最初發(fā)布于1997年的DIALLEL-SAS的改進(jìn)版本。新程序，DIALLEL-SAS05，有一個(gè)清晰和用戶友好的界面，旨在滿足用戶的各種diallel交叉設(shè)計(jì)實(shí)驗(yàn)的需求。 DIALLEL-SAS05比DIALLEL-SAS具有以下主要優(yōu)點(diǎn)：（i）它不僅分析了所有四個(gè)Griffing的diallel方法（固定和隨機(jī)模型），而且還計(jì)算Gardner-Eberhart的分析II和III; （ii）其提供來自4至12的親本數(shù)的dialle1實(shí)驗(yàn)的所需結(jié)果，（iii）其可分析來自任何數(shù)目環(huán)境的dialle1數(shù)據(jù)，和（iv）對(duì)于隨機(jī)效應(yīng)模型，其提供GCA（{ σ2g）和SCA（sigma 2s）方差，其可以用于估計(jì)加性（σ2 A）和優(yōu)勢(shì)（σ2 D）方差，并且最終的狹義遺傳性（h 2）。 DIALLEL-SAS05還提供了GCA x ENV，SCA x ENV，倒數(shù)x ENV，母體x ENV和非母體x ENV相互作用的信息（如果適用）。 DIALLEL-SAS05應(yīng)該大大提高研究人員在分析和解釋diallel-cross數(shù)據(jù)的效率。程序代碼可從相應(yīng)作者的CD上獲得。

Diallel交配設(shè)計(jì)是植物和動(dòng)物育種計(jì)劃中獲得定量或復(fù)雜遺傳性狀遺傳信息（如GCA和SCA）的重要工具（Hayman，1954; Griffing，1956; Fry，2004）。 Griffing's（1956）diallel方法已廣泛用于作物植物（Evans等人，1966; Stuthman等人，1971; Borges，1987; Pixley和Bjarnason，1993; Kang等人，1995,1999; Zhang等人。，1996）。 Grif指出的四種方法的重要特征的一個(gè)有用的總結(jié)在Zhang和Kang（1997;表1）中給出。
Gardner和Eberhart（1966）提出了從異質(zhì)父母/種群（“品種”）產(chǎn)生的二等位基因交叉數(shù)據(jù)的替代分析。 Gardner-Eberhart分析（GEAN）I是資源密集型的，需要評(píng)估n個(gè)親本，n（n≥1）/ 2個(gè)F1雜交和親本和雜交的近交后代，但提供了加性和優(yōu)勢(shì)基因作用的信息，雜種優(yōu)勢(shì)和近親繁殖抑制（Gardner和Eber-hart，1966; Murray等，2003）。 GEAN II在評(píng)估n種群（品種）及其n（n？1）/ 2 F1雜交中有用; （Gardner和Eberhart，1966; Hallauer和Miranda，1988; Murray等，2003）。雜種進(jìn)一步分為平均，品種和特異性雜種優(yōu)勢(shì)，但在分析II中不能確定加性和主導(dǎo)參數(shù)，因?yàn)樗鼈兣c標(biāo)記為“品種”的變異來源混雜（Murray等，2003）。 GEAN III從包含以下變異源的分析中提供了品種和GCA效應(yīng)的估計(jì)：親本，親本與F1雜交和F1雜交; GCA效應(yīng)以類似于Griffing的方法4，模型1 Murray等，2003）。 GEAN II和GEANIII都提供了平均雜種優(yōu)勢(shì)和SCA的估計(jì)（Gardner和Eberhart，1966; Murray等，2003）。許多研究人員已經(jīng)成功地利用GEAN研究雜種優(yōu)勢(shì)和估計(jì)品種diallels中的GCA和SCA（Crossa等人，1987; Ali等人，2001; Lee等人，2003）。
Murray et al。 （2003）指出，GEAN II和GEAN III的效應(yīng)公式在生物學(xué)和遺傳學(xué)上都是非生物學(xué)的，并且將父母數(shù)作為乘數(shù)。他們進(jìn)一步認(rèn)為，（i）在GEAN III中獲得的品種效應(yīng)是“無約束”估計(jì)，而來自GEAN II的品種效應(yīng)是受限的估計(jì)，因?yàn)闆]有雜種優(yōu)勢(shì);和（ii）結(jié)果對(duì)這些效應(yīng)的使用和解釋有影響。關(guān)于GEAN I，II和III的進(jìn)一步具體細(xì)節(jié)，讀者參考Murray et al。 （2003）。
自然由于繁瑣的計(jì)算，研究人員認(rèn)為需要開發(fā)用于分析撥號(hào)數(shù)據(jù)的計(jì)算機(jī)程序。已開發(fā)了用于作物育種的程序代碼（Burrow和Coors，1994; Kang，1994; Magari和Kang，1994; Zhang和Kang，1997）和樹木育種（Wu and Matheson，2000,2001; Xiang and Li，2001 ）。 Murray et al。 （2003）報(bào)告了一個(gè)用于GEAN II和GEAN III的SAS計(jì)算機(jī)程序;該程序使用具有細(xì)胞平均值的一般線性模型來估計(jì)各種遺傳效應(yīng)。 Zhang和Kang（1997）的DIALLEL-SAS程序已被廣泛使用，例如，分析玉米中的二進(jìn)制跨數(shù)據(jù)（Zea mays L.）（Kang等
1999，2005; Naidoo等，2002; Lee等人，2003），油菜籽（Brassica napus L.）（Goffman和Becker，2001），小麥（Triticum aestivum L.）（Le Gouis等人，2002; Hakizimana等人，2004），硬粒小麥Triticum turgidum L.var.duum）（Solomon和Labuschagne，2004），苜蓿（Medicago sativa L.）（Guines等人，2002; Riday和Brummer，2002a，2002b）和白羽扇豆（Lupinus albus L.） Lagunes-Espinoza等人，2003）。 DIALLEL-SAS的有用性可以得到增強(qiáng)。 DIALLEL-SAS（Zhang和Kang，1997）的限制是（i）雖然它可以容易地適應(yīng)于兩個(gè)環(huán)境的特定diallel集合（Griffing的方法1到4），用戶必須修改代碼以分析來自更多比兩個(gè)環(huán)境，這可能很麻煩; （ii）它僅提供固定效應(yīng)模型的結(jié)果; （iii）它需要對(duì)除了在張和康（1997）的示例程序中使用的n 5之外的父代號(hào)進(jìn)行廣泛和費(fèi)力的程序修改;和（iv）它沒有包括Gardner和Eberhart（1966）分析II和III。
目前，還沒有已知的計(jì)算機(jī)程序處理Griffing的四個(gè)diallel方法和Gardner-Eberhart分析II和III的分析。因此，需要一種綜合程序，不僅計(jì)算Griffing的diallel分析 - 固定和隨機(jī)效應(yīng)模型，而且還計(jì)算Gardner-Eberhart分析II和III。我們?cè)谶@里報(bào)告稱為DIALLEL-SAS05的這樣一個(gè)程序的發(fā)展。