MEGA7軟件下載及安裝
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支持建樹類型
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數(shù)據(jù)準備
TIR.fasta
>sp|Q9BXR5|HUMAN_TLR10_TIR
CLHFDLPWYLRMLGQCTQTWHRVRKTTQEQLKRNVRFHAFISYSEHDSLWVKNELIPNLE
KEDGSILICLYESYFDPGKSISENIVSFIEKSYKSIFVLSPNFVQNEWCHYEFYFAHHNL
FHENSDHIILILLEPIPFYCIPTRYHKLKALLEKKAYLEWPKDRRKCGLFWANLRAAINV
NVLATREMYELQTFTELNEESRGSTISLMRTDCL
>sp|Q9NR96|HUMAN_TLR9_TIR
GWDLWYCFHLCLAWLPWRGRQSGRDEDALPYDAFVVFDKTQSAVADWVYNELRGQLEECR
GRWALRLCLEERDWLPGKTLFENLWASVYGSRKTLFVLAHTDRVSGLLRASFLLAQQRLL
EDRKDVVVLVILSPDGRRSRYVRLRQRLCRQSVLLWPHQPSGQRSFWAQLGMALTRDNHH
FYNRNFCQGPTAE
>sp|Q9NR97|HUMAN_TLR8_TIR
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RDKNVLLCLEERDWDPGLAIIDNLMQSINQSKKTVFVLTKKYAKSWNFKTAFYLALQRLM
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>sp|Q9NYK1|HUMAN_TLR7_TIR
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EKVDVIILIFLEKPFQKSKFLQLRKRLCGSSVLEWPTNPQAHPYFWQCLKNALATDNHVA
YSQVFKETV
>sp|Q9Y2C9|HUMAN_TLR6_TIR
YLDLPWYLRMVCQWTQTRRRARNIPLEELQRNLQFHAFISYSEHDSAWVKSELVPYLEKE
DIQICLHERNFVPGKSIVENIINCIEKSYKSIFVLSPNFVQSEWCHYELYFAHHNLFHEG
SNNLILILLEPIPQNSIPNKYHKLKALMTQRTYLQWPKEKSKRGLFWANIRAAFNMKLTL
VTENNDVKS
>sp|O60602|HUMAN_TLR5_TIR
TKFRGFCFICYKTAQRLVFKDHPQGTEPDMYKYDAYLCFSSKDFTWVQNALLKHLDTQYS
DQNRFNLCFEERDFVPGENRIANIQDAIWNSRKIVCLVSRHFLRDGWCLEAFSYAQGRCL
SDLNSALIMVVVGSLSQYQLMKHQSIRGFVQKQQYLRWPEDFQDVGWFLHKLSQQILKKE
KEKKKDNNIPLQTVATIS
>sp|O00206|HUMAN_TLR4_TIR
KFYFHLMLLAGCIKYGRGENIYDAFVIYSSQDEDWVRNELVKNLEEGVPPFQLCLHYRDF
IPGVAIAANIIHEGFHKSRKVIVVVSQHFIQSRWCIFEYEIAQTWQFLSSRAGIIFIVLQ
KVEKTLLRQQVELYRLLSRNTYLEWEDSVLGRHIFWRRLRKALLDGKSWNPEGTVGTGCN
WQEATSI
>sp|O15455|HUMAN_TLR3_TIR
EGWRISFYWNVSVHRVLGFKEIDRQTEQFEYAAYIIHAYKDKDWVWEHFSSMEKEDQSLK
FCLEERDFEAGVFELEAIVNSIKRSRKIIFVITHHLLKDPLCKRFKVHHAVQQAIEQNLD
SIILVFLEEIPDYKLNHALCLRRGMFKSHCILNWPVQKERIGAFRHKLQVALGSKNSVH
>sp|O60603|HUMAN_TLR2_TIR
HRFHGLWYMKMMWAWLQAKRKPRKAPSRNICYDAFVSYSERDAYWVENLMVQELENFNPP
FKLCLHKRDFIPGKWIIDNIIDSIEKSHKTVFVLSENFVKSEWCKYELDFSHFRLFDENN
DAAILILLEPIEKKAIPQRFCKLRKIMNTKTYLEWPMDEAQREGFWVNLRAAIKS
>sp|Q15399|HUMAN_TLR1_TIR
SYLDLPWYLRMVCQWTQTRRRARNIPLEELQRNLQFHAFISYSGHDSFWVKNELLPNLEK
EGMQICLHERNFVPGKSIVENIITCIEKSYKSIFVLSPNFVQSEWCHYELYFAHHNLFHE
GSNSLILILLEPIPQYSIPSSYHKLKSLMARRTYLEWPKEKSKRGLFWANLRAAINIKLT
EQAKK
導入文件
選擇Align
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導入成功
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選擇比對方法
Alignment > Align by ClustalW > OK > 默認參數(shù)
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比對完成
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保存比對結果
File > Export Aligment > MEGA Format > Input tile of the data > 輸入 TIR 名稱
將保存后的TIR.mega文件導入
TIR.mega雙擊，彈出MEGA窗口
顯示TA按鈕
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顯示序列
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按C，顯示保守區(qū)，標黃色
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按V顯示非保守區(qū)，有必要，可以剔除序列
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按分頁按鈕，對樣品序列名稱，重命名為簡稱，進行分組。
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選擇最近鄰居法
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確認使用當前數(shù)據(jù)，
檢驗方法，默認為空，設為步長檢驗法；
遺傳距離時使用的計算模型，設置 p-distance
如果是以序列間不同殘基的個數(shù)來度量遺傳距離的話，這里需要選擇 Complete deletion（全部刪除）。
如果是其他方法，比如這里選用的 NJ 方法，可以選擇 Partial deletion（部分刪除）。刪除程度定在 50%，即，保留一半含有空位的列。
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建樹生成
原始樹
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步長檢驗后的樹
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設置樹的形狀
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