Cytoscape可視化共現(xiàn)網(wǎng)絡
因為每一次用都要查層次不齊的博客 索性自己記錄了。
1. 構建輸入文件
- node.tsv 文件
包含三列 文件用Tab分割
Node_name degree node_type
1. Node_name包含 sources 和 targets 節(jié)點名稱。（即每條邊的兩個點）
2. degree 包含每個節(jié)點的度 （targets的度可以統(tǒng)一為1）
用于根據(jù)節(jié)點度調整節(jié)點大小 也可以是其他數(shù)值。
3. node_type 用于標明節(jié)點屬于source 或者 target節(jié)點
用于顏色調整區(qū)分節(jié)點類型。
4. 如果類似于Gene 有別名的話 可以在最后加上一列
通過label隨時切換名字
- edge.tsv 文件
包含三列 文件用Tab分割
Source Target Weight
1. Source 和 Target 分別包含 Source 和 Target節(jié)點名稱 需要與 node.tsv文件對應。
2. weight文件包含邊的權重 可以是共現(xiàn)次數(shù)
用于調整邊的顏色突出權重。
3. 如果有多種類別的邊 多種relation 可以加一列注明relation 關系 用不同顏色可視化
2. 可視化網(wǎng)絡
- 導入edge.tsv 文件
1. Import Netword from file System
注意調整 source 和 target 對于列 及 數(shù)據(jù)類型
- 導入node.tsv 文件
1. Import Table from file
注意調整 導入到哪個Table
Import data as **Noda Table Columms**
Key Column for Networks **Shared name**
3. 風格調整
1.Style --> Curved
2. Node Size, colur 選擇表格對應列
3. Edge Color, Width 選擇表格對應列
4. Trick
- 通過限制 Source 節(jié)點度度， 共顯的次數(shù)， 共顯節(jié)點的數(shù)量來優(yōu)化可視化效果。
- 如果Target節(jié)點沒有根據(jù)度設置節(jié)點大小需要 可以將Target的度設置為source節(jié)點最小度，這樣就保證起碼和最小的節(jié)點度一樣大。
