為了便于處理，選擇用循環(huán)cellranger count和cellranger vdj來分別處理轉(zhuǎn)錄組和TCR文件，而非用cellranger multi

別忘了修改Fastq文件名，這樣可以不用aggr

對于GEX文件：

genomedir=/home/user/*/refdata-gex-GRCh38-2020-A
datadir=/home/user/*/GEX
 
sample='A_0211 B_0412 C_0512'#樣本名，用空格間隔
date
for s in $sample
do
date
cellranger count --id=${s}_count_out --fastqs=$datadir/$s --sample=$s --transcriptome=$genomedir --nosecondary --localcores=8 --localmem=32
date
wait
done

對于TCR文件

genomedir=/home/user/*/refdata-cellranger-vdj-GRCh38-alts-ensembl-7.1.0
datadir=/home/user/*/TCR
 
sample='A_0211_TCR B_0412_TCR C_0512_TCR'
date
for s in $sample
do
date
cellranger vdj --id=${s}_vdj_out --reference=$genomedir --fastqs=$datadir/$s --sample=$s --localcores=8 --localmem=32
date
wait
done

可以用vim創(chuàng)建sh文件
如果沒有權限，可以用chmod 764 test.sh賦權
然后./tesh.sh就可以運行啦