Hic的替代技術(shù)Omni-C，用于染色體定相

內(nèi)容翻譯自：https://omni-c.readthedocs.io/en/latest/
Omni-C提供了 Hi-C 文庫(kù)的所有特征，而沒(méi)有基于限制酶 (RE) 的 Hi-C 方法固有的序列偏差。

Omni-C 的主要優(yōu)勢(shì)：

  • 與序列無(wú)關(guān)的染色質(zhì)片段化能夠在全基因組范圍內(nèi)檢測(cè)染色質(zhì)接觸（使用基于限制性內(nèi)切酶的 Hi-C 方法無(wú)法覆蓋多達(dá) 20% 的基因組）
  • 類似Shotgun測(cè)序的均勻基因組覆蓋，支持 SNP 識(shí)別、染色體定相和結(jié)構(gòu)變異檢測(cè)
  • 降低測(cè)序負(fù)擔(dān)以達(dá)到所需的序列深度，從而節(jié)省時(shí)間和成本

使用場(chǎng)景

  • SNP 和染色體定相：Omni-C? 文庫(kù)的均勻序列覆蓋率支持依賴 SNP 信息的全基因組 SNP 識(shí)別和下游應(yīng)用，例如由于低轉(zhuǎn)換錯(cuò)誤率而導(dǎo)致的染色體定相。Omni-C? 技術(shù)提供了使用 Illumina 短讀長(zhǎng)進(jìn)行全基因組物理定相的最佳方法。
  • Omni-C? 數(shù)據(jù)中的大型 SV：鄰近連接數(shù)據(jù)可用于以高分辨率檢測(cè)和確認(rèn)癌癥樣本中的染色體重排。使用 HiGlass 等開源軟件工具，接觸矩陣可以快速可視化此類大型結(jié)構(gòu)變體。
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