Emmm, 今天的主圖，
寫在前面
博士畢業(yè)論文中，使用的樣品包括：
- 不同的類型 / 或者說(shuō)不同的組織
- 不同的時(shí)間 / 或者說(shuō)時(shí)間序列
所以，是一個(gè)多X多的設(shè)計(jì)。對(duì)于這類實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)所產(chǎn)生的數(shù)據(jù)，往往會(huì)有較高的分析難度。在分析上，現(xiàn)在多數(shù)人直接使用的是共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析，最常用的莫過(guò)于 WGCNA 。而在可視化上，單單就基因表達(dá)熱圖繪制上，沒(méi)有較好的形式，尤其是在 多基因X多組織X多時(shí)期 的數(shù)據(jù)上。
TBtools中多種熱圖可視化方式
TBtools中，我們提供過(guò)數(shù)種熱圖的展示方式，
第一種，常規(guī)的熱圖，適用于 少基因X少樣品 的數(shù)據(jù)
這種熱圖，四四方方，其實(shí)在TBtools里面，可以有不少變化，比如不要用顏色對(duì)應(yīng)數(shù)值，直接用圈的大小來(lái)對(duì)應(yīng)數(shù)值
當(dāng)然還有其他，比如三角形的，或者前述我們推送過(guò)的對(duì)角線熱圖的熱圖組合方式。無(wú)論怎么可視化，這類熱圖能展示的表達(dá)矩陣，仍然很少。所以在基因數(shù)達(dá)到數(shù)十或者上百之后，TBtools中有提供了掰彎的熱圖或者說(shuō)，環(huán)形熱圖。
第二種，環(huán)形的熱圖，適用于 多基因X少樣品 的數(shù)據(jù)
前前后后，我在公眾號(hào)上推 環(huán)形熱圖 有超過(guò)一年時(shí)間。目前市面上，我自認(rèn)為暫時(shí)就TBtools一個(gè)工具，也是第一個(gè)，是以熱圖工具為中心開(kāi)發(fā)的環(huán)形熱圖，如果說(shuō)之前已經(jīng)有，那么那些都是以進(jìn)化樹(shù)注釋為中心開(kāi)發(fā)的。進(jìn)化樹(shù)注釋功能，TBtools也有，對(duì)應(yīng)的也有簡(jiǎn)單版本的熱圖Track【注：功能明顯有限】。如果說(shuō)，還有其他工具可以做了，那么他們都只是追隨者。環(huán)形熱圖，最大的好處，就是可以容納比較多的基因，同時(shí)基本不占版面。
大體如下，
或者，換個(gè)配色可能好看點(diǎn)
第三種，卡通熱圖，適用于 少基因X多樣品 的數(shù)據(jù)
雖然掰彎的熱圖，其實(shí)把基因和樣品做一個(gè)轉(zhuǎn)置【注：TBtools的熱圖功能內(nèi)置矩陣轉(zhuǎn)置功能，也有專門的表格轉(zhuǎn)置功能】，就可以處理 少基因X多樣品 的情況。但是，當(dāng)樣品很多，或者比較復(fù)雜時(shí)。我們?nèi)祟惖闹庇^視覺(jué)可以幫我們更好的分析數(shù)據(jù)。為此，在多年前，有一個(gè)瀏覽器框架叫eFP Browser，針對(duì)芯片數(shù)據(jù)開(kāi)發(fā)。在前述，TBtools推出了基于FPKM的，支持矢量圖導(dǎo)入導(dǎo)出的FancyHeatmap。從比較多的方面有所超越。大體如下：
這種熱圖，最適合的是 可視化某個(gè)基因在多組織多時(shí)期的表達(dá)變化。
CubicHeatMap 可視化 多基因X多組織X多時(shí)期
前幾天跟朋友在討論的課題的時(shí)候【注：大家都是做 植物發(fā)育生物學(xué) 的】，討論到幾年前的一篇Ncom文章，其中有圖如下：
一個(gè)非常不錯(cuò)的可視化方式，雖然也帶有缺陷【注：只有一個(gè)基因的表達(dá)量可以為完全展示】。不過(guò)這個(gè)缺點(diǎn)不影響他的實(shí)用性，尤其是我們一系列共表達(dá)量基因的時(shí)候。很不幸，這個(gè)工具，似乎仍然是一個(gè)瀏覽器框架，Tomato Expression Altas。事實(shí)上，我也不知道這個(gè)瀏覽器框架到底有沒(méi)有另外的人用過(guò)，不過(guò)我是不會(huì)用的。
想想很久沒(méi)有Coding，手和腦子都會(huì)生疏。于是，一般看娃，干脆就一邊實(shí)現(xiàn)這個(gè)熱圖功能。結(jié)果圖如下：
Emmm.. 忽略配色，畢竟不一定能拿到原始的配色方案。這張圖片，包括了 16個(gè)基因，11個(gè)組織和16個(gè)時(shí)期。
如何實(shí)現(xiàn)？
前述，在公眾號(hào)推文中已經(jīng)提及，JIGplot 引擎中有類似圖層的概念，也就是 SubPanel。雖然 CubicHeatMap 看起來(lái)是立方體。不過(guò)我們完全可以拆解。
JIGplot 除了掰彎，其實(shí)還有一個(gè)功能切變。后者的實(shí)現(xiàn)不是很健全，不過(guò)處理 Rectangle 完全沒(méi)問(wèn)題。直接畫三個(gè)正常的熱圖，然后分別對(duì) UpPanel 和 RightPanel 做 Shear 即可。
如何使用 CubicHeatMap ?
雖然是順手寫，不過(guò)還是打成GUI，方便自己后續(xù)使用【畢竟Java碼不是R碼，隨取隨用 】。于是，TBtools又增加了一個(gè)功能。
打開(kāi)之后，可以看到，只有兩個(gè)輸入：
1. 基因表達(dá)矩陣，這個(gè)比較簡(jiǎn)單，跟其他熱圖完全一樣
2. 樣品分組信息，這個(gè)說(shuō)起來(lái)復(fù)雜，其實(shí)也簡(jiǎn)單。一共三列：
第一列，樣品名字，即表達(dá)矩陣對(duì)應(yīng)的樣品名字【注：沒(méi)有格式和內(nèi)容要求，對(duì)應(yīng)起來(lái)就行】
第二列，樣品的第一維度分類，比如 屬于某個(gè)組織
第三列，樣品的第二維度分類，比如 處于某個(gè)時(shí)期
如下：
兩個(gè)文件放進(jìn)去，自己設(shè)置下喜歡的配色，隨后點(diǎn)擊 Start 即可
于是得到
當(dāng)然，我們不能忘了，JIGplot 是可交互的。
禮物？
Emmm... 突然想起來(lái)，TBtools 的 Logo，其實(shí)就像一個(gè)熱圖。
既然有了CubicHeatMap, 那么我們完全可以做一組數(shù)據(jù)，就畫 TBtools 的 Logo
寫在后面
Emmm...
練手完畢，繼續(xù)....
相信今年的 2月14 是不少人可能在很多年以后 ，仍然覺(jué)得特殊的日子。喜歡過(guò)節(jié)的，在往?？赡軙?huì)花一點(diǎn)時(shí)間去準(zhǔn)備禮物，但是今年應(yīng)該就不行了。
但這一切，應(yīng)是沒(méi)有所謂。畢竟
始終如一是最好的相處，而
陪伴就是最好的禮物。
。
祝大家身體健康了。
