對GWAS的summary文件進行整合時，經(jīng)常需要在beta，or, se, p, zscore之間進行換算，故在此總結(jié)一下。希望對大家有幫助。
1. se 計算
1.1 有 beta、p ，計算se；
se=sqrt(((beta)^2)/qchisq(p,1,lower.tail=F))
1.2 有 or、p ，計算se；
se=abs(log(or)/qnorm(p/2))
2. zscore計算
2.1 有 beta、p ，計算zscore；
c=qnorm(1-p/2)
情況1：beta > 0，zscore = c
情況2：beta < 0，zscore = -c
2.2 有 or、p ，計算zscore；
c=qnorm(1-p/2)
情況1：or > 1，zscore = c
情況2：or < 1，zscore = -c
2.3 有 beta、se ，計算zscore；
zscore=beta/se
2.4 有 or、se ，計算zscore；
zscore=log(or)/se
注意：這里的se指的是log(or)的se，plink給出的se就是默認(rèn)log(or)的se
以上所有的公式換算均在R環(huán)境下完成的。
此文感謝彭師姐和蔡大胖同學(xué)參與的討論。
