gtx超算工作站運行命令
1、生成index（如果沒有創(chuàng)建的話）
gtx index ref.fa
2、比對
#1 快速比對，生成vcf
gtx wgs -R '@RG\tID:輸出文件名\tSM:輸出文件名\tPL:ILLUMINA' -o 輸出文件名.vcf /index/hg19/hg19.fa 原始數(shù)據(jù).R1.fastq 原始數(shù)據(jù).R2.fastq
#2 快速比對，生成gvcf
gtx wgs -R '@RG\tID:輸出文件名\tSM:輸出文件名\tPL:ILLUMINA' -o 輸出文件名.g.vcf /index/hg19/hg19.fa 原始數(shù)據(jù).R1.fastq 原始數(shù)據(jù).R2.fastq -g
#3 精準比對，生成vcf文件
gtx wgs -R '@RG\tID:輸出文件名\tSM:輸出文件名\tPL:ILLUMINA' -o 輸出文件名.vcf /index/hg19/hg19.fa 原始數(shù)據(jù).R1.fastq 原始數(shù)據(jù).R2.fastq --bwa
#4 精準比對，生成gvcf文件
gtx wgs -R '@RG\tID:輸出文件名\tSM:輸出文件名\tPL:ILLUMINA' -o 輸出文件名.g.vcf /index/hg19/hg19.fa 原始數(shù)據(jù).R1.fastq 原始數(shù)據(jù).R2.fastq -g --bwa -L bed
3、Joint calling 分析：
- 對所有樣本精準比對，生成g.vcf文件
gtx wgs -R '@RG\tID:輸出文件名\tSM:輸出文件名\tPL:ILLUMINA' -o 輸出文件名.g.vcf /參考基因組文件路徑/參考基因組文件夾/參考基因組.fa 原始數(shù)據(jù).R1.fastq.gz 原始數(shù)據(jù).R2.fastq.gz -g --bwa
- 對每個樣本進行壓縮和索引
bgzip /樣本放置路徑/樣本放置文件夾/樣本名1
(例：bgzip /home/gtx/jointcall/文件名1)
tabix -p vcf /樣本放置路徑/樣本放置文件夾/樣本名1
（例：tabix -p vcf /home/gtx/jointcall/文件名1）
bgzip /樣本放置路徑/樣本放置文件夾/樣本名2
(例：bgzip /home/gtx/jointcall/文件名2)
tabix -p vcf /樣本放置路徑/樣本放置文件夾/樣本名2
（例：tabix -p vcf /home/gtx/jointcall/文件名2）
bgzip /樣本放置路徑/樣本放置文件夾/樣本名3
(例：bgzip /home/gtx/jointcall/文件名3)
tabix -p vcf /樣本放置路徑/樣本放置文件夾/樣本名3
（例：tabix -p vcf /home/gtx/jointcall/文件名3）
... ...
gtx gi -V /樣本放置路徑/樣本放置文件夾/樣本名1 -V /樣本放置路徑/樣本放置文件夾/樣本名2 -V /樣本放置路徑/樣本放置文件夾/樣本名3 -G /樣本放置路徑/樣本放置文件夾/db
（例：gtx gi -V /home/gtx/jointcall/文件名1 -V /home/gtx/jointcall/文件名2 -V /home/gtx/jointcall/文件名3 -G /home/gtx/jointcall/db）
gtx joint -R /參考基因組路徑/參考基因組文件夾/參考基因組.fa -V gendb:///樣本放置路徑/樣本放置文件夾/db -O 輸出文件名（jointcall_gtx_pig.vcf）
(例：gtx joint -R /home/gtx/jointcall/ref/參考基因組.fa -V gendb:///home/gtx/jointcall/db -O jointcall_gtx_pig.vcf)
