首先查看samtools view的幫助,發(fā)現(xiàn)可以選擇比對區(qū)域
Usage: samtools view [options] <in.bam>|<in.sam>|<in.cram> [region ...]
查看samtools版本為
~/Ebola/code/bam# conda list | grep samtools
samtools 1.10 h9402c20_2 https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda