利用MATLAB預(yù)處理基因表達(dá)譜

實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)

是來自GEO的肝癌數(shù)據(jù)，原文件GDS4882.soft
54765*26表達(dá)譜矩陣 總共26個(gè)樣本，10個(gè)肝細(xì)胞癌，10個(gè)正常，6個(gè)胃癌

實(shí)驗(yàn)步驟

  1. 導(dǎo)入數(shù)據(jù)
  2. 補(bǔ)缺失值
  3. 數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化
  4. 篩選差異基因

實(shí)驗(yàn)代碼

gdsdata=geosoftread('GDS4882.soft') %導(dǎo)入數(shù)據(jù)
Imputedata=knnimpute(gdsdata.Data,15); %補(bǔ)缺失值
save D:\實(shí)驗(yàn)\實(shí)驗(yàn)四\gdsdata.mat gdsdata
maboxplot(Imputedata,gdsdata.ColumnNames);
xlable('Samples');
gdsdata.normdata=quantilenorm(Imputedata,'MEDIAN',1);
Normadata=quantilenorm(Imputedata,'display',1); %標(biāo)準(zhǔn)化
%篩選差異基因
for i=1:size(gdsdata.normdata,1)
[h,significance,ci]=ttest2(gdsdata.normdata(i,4:13),gdsdata.normdata(i,14:23),0.05); %10個(gè)肝細(xì)胞癌與10個(gè)正常樣本之間做t檢驗(yàn)
Sigtotal(i)=significance;
end
Siggene=gdsdata.Identifier(Sigtotal<=0.05);
save DEGs.mat Siggene %保存成.mat文件
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