一、背景知識

1、sra數(shù)據(jù)

sra數(shù)據(jù)是SRA數(shù)據(jù)庫用于儲存二代測序數(shù)據(jù)的原始數(shù)據(jù)的一種壓縮格式，這種數(shù)據(jù)格式不能直接進行處理，需要轉(zhuǎn)換成fastq才能進行質(zhì)控以及去adapt等處理——相當于解壓縮?。?！

2、fastq文件（簡稱fq文件）

高通量測序得到的原始圖像數(shù)據(jù)文件，經(jīng)過堿基識別（base calling）分析轉(zhuǎn)化為原始測序序列（sequenced reads），稱之為raw data或raw reads，結(jié)果以fastq（簡稱fq）文件格式存儲

3、fastq-dump

需要的命令：fastq-dump
命令的來源：sra-tools
fastq-dump的參數(shù)

1. --gzip 將轉(zhuǎn)換出的fastq文件以gz格式輸出，可以節(jié)省空間
2. --split-3 把pair-end測序分成兩個文件輸出
3. -X 拆分出指定的reads數(shù)目，默認拆分所有reads，一個read就是fastq的四行數(shù)據(jù)（老師為了上課測試，設(shè)置25000條reads，真實數(shù)據(jù)不需要加這個參數(shù)?。。。?/li>
4. -O 輸出文件夾名

二、轉(zhuǎn)換過程

#定義存放輸出數(shù)據(jù)的文件夾，需要先創(chuàng)建這個文件夾‘fastq’
mkdir fastq
fqdir=/trainee2/Mar7/rna/project/fastq
#轉(zhuǎn)換單個文件
fastq-dump --gzip --split-3 -X 25000 -O ${fqdir} SRR1039510
#批量轉(zhuǎn)換，將樣本名寫成文件——sample.ID，echo是打印命令，while循環(huán)的意義是生成腳本
cat sample.ID | while read id
do
 echo "fastq-dump --gzip --split-3 -X 25000 -O ${fqdir} ${id}
done >sra2fq.sh
# 提交后臺運行命令，腳本文件后綴為.sh，日志文件后綴為.log，運行腳本的命令為sh
nohup sh sra2fq.sh>sra2fq.log &

此處不是報錯，只是系統(tǒng)反饋

輸出的文件

輸入一個文件，輸出兩個gz壓縮文件（因為是雙端測序，1和2分別表示第一段測序結(jié)果和第二段測序結(jié)果）

批量轉(zhuǎn)換，注意done后面有空格?。。?/div>

#查看輸出的fastq的gz壓縮文件，用zless命令
zless -S SRR1039510_1.fastq.gz

fastq文件內(nèi)容