NetPhos 3.1--蛋白磷酸化位點(diǎn)預(yù)測(cè)

蛋白磷酸化修飾:
蛋白磷酸化是一種非常普遍存在的翻譯后修飾(Protein post-translational modification,PTM)的一種類型。蛋白質(zhì)的磷酸化是通過酶促反應(yīng)將磷酸基團(tuán)轉(zhuǎn)移到蛋白組氨基酸殘基上的過程,在生物體內(nèi)普遍存在,蛋白質(zhì)的磷酸化與去磷酸化這一可逆過程幾乎參與了生命活動(dòng)的所有過程,與信號(hào)傳導(dǎo)、細(xì)胞周期、生長(zhǎng)發(fā)育、癌癥發(fā)生發(fā)展等密切相關(guān)。
ATP和ADP的相互轉(zhuǎn)化應(yīng)該是我們生物學(xué)習(xí)中最早接觸的磷酸化和去磷酸化了,也是目前最主要的信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)方式?;诹姿峄闹匾院推毡樾?,可以說是目前研究最廣泛的修飾類型。指由蛋白質(zhì)激酶催化的把ATP的磷酸基轉(zhuǎn)移到底物蛋白質(zhì)氨基酸殘基(絲氨酸、蘇氨酸、酪氨酸)上的過程,或者在信號(hào)作用下結(jié)合GTP,是生物體一種普遍的調(diào)節(jié)方式,在細(xì)胞信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)的過程中起重要作用。它可以快速且可逆地調(diào)控信號(hào)傳遞功能,包括催化活性、蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用等。
磷酸化主要集中在絲氨酸、蘇氨酸、酪氨酸 殘基上,這些殘基上具有游離的羥基,且本身不帶電荷,當(dāng)磷酸化后蛋白質(zhì)便具有了電荷,從而使結(jié)構(gòu)發(fā)生變化,進(jìn)一步引起蛋白質(zhì)活性的變化。

圖片來(lái)自文獻(xiàn).png

磷酸化位點(diǎn)在線分析網(wǎng)址:NetPhos 3.1 Server


輸入文件:FASTA格式的蛋白氨基酸序列
預(yù)測(cè)位點(diǎn)類型:Tyr、Ser、Thr
是否設(shè)置打分閾值:默認(rèn)0
輸出格式選擇:classical/GFF
是否生成圖片:Generate graphics
輸出結(jié)果說明:Output format


NetPhos3.1 主界面 .png
輸入界面.png
序列信息結(jié)果.png
總結(jié)果.png
每個(gè)位點(diǎn)顯示最高打分結(jié)果

:分析的氨基酸位置(磷酸化位點(diǎn))

x:氨基酸(磷酸化)簡(jiǎn)寫
Context:包含分析位點(diǎn)的9個(gè)氨基酸序列
Score:結(jié)果打分(0-1),一般高于0.5則為陽(yáng)性結(jié)果
Kinase:激酶信息,unsp表示沒有特異性激酶預(yù)測(cè)結(jié)果
Answer:Yes表示陽(yáng)性結(jié)果,即打分高于0.5


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