yum的基本用法:
安裝:yum install package
卸載:yum remove package
Seurat需要很多新的依賴包,否則會安裝失敗。服務(wù)器為CentOS版本。
目前報錯的,未完成安裝的依賴包有:httr,leiden,plotly,reticulate,SeuratObject.
目前已更新的依賴包包括:
openssl:sudo yum install openssl openssl-devel。更新后可以完成安裝httr包。
gcc+版本(本步驟目的為安裝RcppTOML):
首先安裝:sudo yum install centos-release-scl scl-utils-build -y
之后運行:sudo yum list all --enablerepo='centos-sclo-rh' | grep "devtoolset-",查看可用的版本。查看到最新版本為9
之后運行:sudo yum install devtoolset-9-toolchain -y,完成安裝
啟動:sudo scl enable devtoolset-9 bash(永久啟動:echo "source /opt/rh/devtoolset-9/enable" >>/etc/profile,但是沒有權(quán)限)
這樣之后,在啟動了devtoolset9的情況下,RcppTOML終于裝上了!
geos(for rgeos)安裝:sudo yum install geos geos-devel
這些都搞完后,最后成功安裝了Seurat。