記錄用過的一些生信軟件吧

FastX格式處理系列

• 截取數(shù)據(jù)量軟件seqtk sample

$ seqtk sample
Usage:   seqtk sample [-2] [-s seed=11] <in.fa> <frac>|<number>
Options: -s INT       RNG seed [11]
         -2           2-pass mode: twice as slow but with much reduced memory

舉例：
seqtk sample -s100 test.fq.gz 5242880 | pigz -p 4 > test.clean.fq.gz

• seqtk trimfq
  也是非?？焖俚囊豢钐幚韋asta/q文件的工具，可以截取數(shù)據(jù)量，

$ seqtk trimfq
Usage:   seqtk trimfq [options] <in.fq>
Options: -q FLOAT    error rate threshold (disabled by -b/-e) [0.05]
         -l INT      maximally trim down to INT bp (disabled by -b/-e) [30]
         -b INT      trim INT bp from left (non-zero to disable -q/-l) [0]
         -e INT      trim INT bp from right (non-zero to disable -q/-l) [0]
         -L INT      retain at most INT bp from the 5'-end (non-zero to disable -q/-l) [0]
         -Q          force FASTQ output

例如：read長度為400bp，需要截取前150bp，可以設(shè)置-e是從后端開始截取250bp，剩下的就是前150bp。
seqtk trimfq -e 250 RP01G9E1L1_R1.fq.gz >trimed_RP01G9E1L1_R1.fq
例如： read長度為400bp，需要丟掉前30bp，保留后面370bp，則可以設(shè)置-b參數(shù)
seqtk trimfq -b 30 G19E1L1_1.fq.gz > >test.fq

• 將fastq轉(zhuǎn)換為fasta
  seqkit fq2fa ../02.align/RP01G9E1L3_R1.fq.gz >RP01G9E1L3_R1.fa

• annovar使用說明
  http://www.itdecent.cn/p/9b5719304311

• call variant 軟件：GATK4 使用說明
  做WGS，或小型變異檢測
  WES somatic variation pipeline正在制作中。

• 華大主流過濾測序數(shù)據(jù)軟件：SOAPnuke使用說明
  soapnuke 報錯Segmentation fault，一般是fastq內(nèi)容有問，檢測fastq文件，可嘗試用gzip -f -d -c ./a_1.fastq.gz > a_1.fastq 看看是否能夠解壓。如果報錯 invalid compressed data--format violated

• fastqc 原始數(shù)據(jù)質(zhì)量值網(wǎng)頁顯示報告
  用法：fastqc *.fq.gz

• 數(shù)據(jù)中的adapter處理：cutadapt
  http://www.itdecent.cn/p/412e55040358

比對軟件系列：

• 任何項目都離不開的比對軟件：bwa使用說明：
  http://www.itdecent.cn/p/67b203cc0779

• 比對軟件之一 ：STAR
  http://www.itdecent.cn/p/294eadc1fc5a

• bowtie/bowtie2
  http://www.itdecent.cn/p/67b203cc0779

• tophat

• 幾乎每天都在用的samtools 使用說明：
  http://www.itdecent.cn/p/67b203cc0779

• bam進行統(tǒng)計的軟件：bamdst使用說明：
  不怎么好用

• bedtools
  見筆記 bedtools 使用教程。

• blast
  見筆記blast用法匯總http://www.itdecent.cn/p/13e0a0fdb419

• igblast
  見筆記 http://www.itdecent.cn/p/1a12a332ca47

reference 相關(guān)

• gffread 教程

單細胞測序系列

• indrop

• zUMIS軟件的使用，

• 10x數(shù)據(jù) cellranger的使用
  cellranger http://www.itdecent.cn/p/21816b67f2df

• T細胞B細胞重構(gòu)CDR3的軟件： mixcr

      mixcr非常簡單易用，它的主要功能是能重構(gòu)出CDR序列。
      用法主要有三個步驟：
      1，align
      2，assemble
      3，export
  

自己寫的一些工具：

• 將fasta模擬成fastq數(shù)據(jù)格式
  http://www.itdecent.cn/p/4181ac1b0c4e

• 按比例合并兩個fastq
  http://www.itdecent.cn/p/a50092052552

• 比較兩個文件中某兩列是否有交集
  https://github.com/levinyi/scripts/blob/master/compare.py
  http://www.itdecent.cn/p/e097c9e0789b

• fastq中提取百分比數(shù)據(jù)：
  http://www.itdecent.cn/p/ea4ae03a9eb2

• 提取fastq或fasta格式的數(shù)據(jù)：
  http://www.itdecent.cn/p/22051fc6e0a3

• 將fastq中的序列進行反向互補，并將quality反向，仍然輸出fastq格式。
  complement_reverse_Fastq_2_Fastq.py

• R 畫venn圖，兩個，三個，四個，五個都能畫。
  http://www.itdecent.cn/p/05f4bae28443

• 兩組數(shù)據(jù)計算相關(guān)性
  http://www.itdecent.cn/p/66c0448f44f3

持續(xù)更新中。。。
上一次更新：2019-08-01