森言森語
今天是今年第一次提DNA,不知道為什么,今天加完異丙醇之后直接出現(xiàn)了大量肉眼可見的絮狀沉淀(DNA),神奇的是之前太多次提DNA從來沒有在這一步出現(xiàn)如此大量的絮狀沉淀,往往是在加完異丙醇在-20℃預(yù)冷沉淀,離心之后才有肉眼可見的絮狀沉淀。然后下午繼續(xù)后面的無腦步驟時,不禁再次問自己,提DNA的原理到底是什么?提RNA的原理又是什么?之間的聯(lián)系和區(qū)別又在哪里?說實話,讓我一板一眼的說DNA提取的原理,我還真說不上來,有點扎心。既然我說不清楚,那就很有必要查一查,重新學(xué)習(xí)一下。其實我很好奇,如果畢業(yè)答辯的時候被老師提問了這個問題,幾人能說清楚,哈哈……注意事項:
實驗室常用試劑幾乎都有毒,尤其DNA提取過程中涉及到的試劑也有很強(qiáng)毒性,接觸后會對身體造成不同程度的影響和傷害,長期操作不規(guī)范將對身體造成極大的安全威脅。因此,為了自己和他人的生命安全和身體健康,以下所有步驟均應(yīng)在佩戴后口罩和手套后,在通風(fēng)櫥操作。DNA提取的要求:
- 保證結(jié)構(gòu)的完整性;
- 盡量排除其他大分子成分的污染(蛋白質(zhì)、多糖及RNA等);
- 保證提取樣品中不含對酶有抑制作用的有機(jī)溶劑及高濃度的金屬離子。
提取步驟及原理:
主要提一下CTAB法提取植物基因組DNA原理。
1 將植物組織置于2 mL離心管,加入2顆滅菌鋼珠,液氮冷凍,球磨儀研碎;
2 加入800 μL CTAB提取緩沖液,65℃水浴1 h,期間每隔15 min顛倒混勻若干次;
說明:CTAB(十六烷基三甲基溴化銨,Hexadecyl trimethyl ammonium Bromide),是一種陽離子去污劑,可溶解細(xì)胞膜并能與核酸形成復(fù)合物,具有從低離子強(qiáng)度溶液中沉淀核酸與酸性多聚糖的特性。在高離子強(qiáng)度的溶液中(>0.7mol/L NaCl),CTAB與蛋白質(zhì)和多聚糖形成復(fù)合物,只是不能沉淀核酸.通過有機(jī)溶劑抽提,去除蛋白、多糖、酚類等雜質(zhì)后加入乙醇沉淀即可使核酸分離出來。
Tris-HCl
提供緩沖環(huán)境,防止核酸被破壞。
EDTA
抑制DNase活性。
NaCl
提供高鹽環(huán)境,使DNA充分溶解。
β-巰基乙醇
抗氧化劑,去除酚、糖,能與酚形成絡(luò)合物,也可與糖結(jié)合。
3 加入800 μL苯酚:氯仿:異丙醇(25:24:1),上下顛倒混勻,12000 rpm離心10 min,將上層水相轉(zhuǎn)移至新的2 mL離心管;
說明:苯酚:從水相中抽提變性的蛋白質(zhì),抑制DNase的降解作用;氯仿:加速有機(jī)相和水相分層,去除殘留酚;異戊醇:減少蛋白質(zhì)變性操作過程中產(chǎn)生的起泡。4 加入等體積氯仿:異丙醇(24:1),上下顛倒混勻,12000 rpm離心10 min,將上清轉(zhuǎn)移至新的1.5 mL離心管;
說明:原理同上一步,抽提更徹底。
5 加入0.6倍體積異丙醇,-20℃沉淀30 min以上;
說明:異丙醇用來沉淀DNA,沉淀所需體積小,但難揮發(fā)。
6 12000 rpm離心10 min,棄去上清,加入75%乙醇洗滌兩次;
說明:其實乙醇也可用于DNA的沉淀,其雖易揮發(fā),但所需體積大,因此普遍使用異丙醇沉淀,然后用乙醇洗滌除去殘留的異丙醇。另外,DNA不溶于乙醇,但CTAB和一些蛋白質(zhì)可溶,低溫乙醇還可抑制DNase活性,降低分子運(yùn)動,易于DNA沉淀。
7 真空干燥儀干燥40 min左右,加水溶解DNA。
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