day3-Linux環(huán)境下的軟件安裝
今天學(xué)習(xí)內(nèi)容的思維導(dǎo)圖
-
軟件管理Miniconda
最方便快捷的軟件下載器，作用相當(dāng)于App Store
image - 下載miniconda
搜索引擎輸入miniconda清華（清華的conda鏡像網(wǎng)站）
進(jìn)入網(wǎng)址：
https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/
知識點(diǎn)：uname空格-a=查看服務(wù)器數(shù)位（64bit/32bit）
wget空格+下載地址==下載文件到此目錄下
登錄服務(wù)器后查看服務(wù)器數(shù)位，找到對應(yīng)版本的最新版miniconda復(fù)制好鏈接，進(jìn)入服務(wù)器通過命令行下載到biosoft目錄下。
命令操作如下圖：
圖片有錯(cuò)誤，下載的腳本是.exe格式的，應(yīng)該下載.sh格式的，否則服務(wù)器無法安裝！??！image.png -
命令行操作知識點(diǎn)：
cp /home/doudou/biosoft/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh ~/biosoft
【意思就是拷貝doudou目錄下的這個(gè)安裝包到~的biosoft目錄】 -
安裝miniconda
輸入bash空格+下載好的安裝包進(jìn)行安裝，過程中會(huì)提示接受條款等yes或回車進(jìn)行確認(rèn)。 - 安裝完成后,一定記得要激活，激活命令輸入 source空格~/.bashrc
驗(yàn)證激活是否成功輸入conda命令行，如出現(xiàn)滿屏信息說明激活成功了，報(bào)錯(cuò)的話檢查激活或安裝過程。
image.png
安裝有問題，可以參考演示視頻【無聲版】
鏈接：https://share.weiyun.com/5J82l9g 密碼：iwcd4k
- 添加鏡像
所謂鏡像網(wǎng)站，相當(dāng)于主網(wǎng)站的副本，conda在國外，我們在國內(nèi)下載軟件速度會(huì)很慢，因此配置鏡像，從鏡像網(wǎng)站下載，可以加快下載速度。
把下面的代碼全部復(fù)制到命令行，粘貼、回車（注意理解代碼的意思）
注意，下面的代碼斷行顯示可能有問題，總共4行哈。
conda也是舶來品，之前我們一直在用的國內(nèi)鏡像中科大和清華被列為無授權(quán)鏡像，又經(jīng)歷了改用官方鏡像的尷尬，但后來又傳來了好消息，清華源重啟。
Windows用戶請記住這里的粘貼不是ctrl+c和ctrl+V了，是鼠標(biāo)左鍵和右鍵
Mac用戶比較方便，可以直接cmd+c復(fù)制，cmd+v到Terminal/iterm2中粘貼
使用清華鏡像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
準(zhǔn)備工作完成，開始使用conda
- 查看當(dāng)前服務(wù)器上安裝的軟件列表--------輸入命令行conda list
- 搜索conda軟件-------輸入命令行conda search fastqc-------{搜索數(shù)據(jù)指控軟件fastqc}
- 安裝軟件 conda install fastqc -y----（-y是yes，意思是安裝fastqc軟件是的問題都回答yes）
默認(rèn)安裝最新版本，但是有的軟件新版本bug比較多，可能需要用到老版本
如果要指定版本號，可以conda install fastqc=0.11.7 -y
- 卸載軟件 conda remove fastqc -y
總結(jié)
- 服務(wù)器需要應(yīng)用商店--miniconda
2.下載miniconda 知識點(diǎn) uname空格-a，，wget空格+下載鏈接地址，，下載腳本格式是.sh不是.exe - 安裝miniconda bash空格+下載的文件
- 激活 source空格~/.bashrc
- 添加鏡像，提高下載速度
6.使用miniconda，知識點(diǎn)conda list conda search 軟件名 conda install 軟件名空格-y conda remove 軟件名空格-y
-
擴(kuò)展知識
conda環(huán)境 不同的項(xiàng)目需要不同的conda環(huán)境，這時(shí)需要有分身
-
查看當(dāng)前conda環(huán)境---conda info空格--envs
前面帶*的就是默認(rèn)環(huán)境
image.png - 創(chuàng)造新環(huán)境舉例
比如我們要處理轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)了，好，先建立一個(gè)名叫rnaseq的conda環(huán)境，然后指定python版本是3，安裝軟件fastqc、trimmomatic（這兩個(gè)可以一步完成）(這里指定python版本是因?yàn)橛械能浖腔趐ython開發(fā)的，不是要你學(xué)python或者用它干什么。)
conda create -n rnaseq python=3 fastqc trimmomatic -y
-
創(chuàng)建完新環(huán)境，查看如下圖，兩個(gè)環(huán)境，帶*的為默認(rèn)環(huán)境。
image.png -
激活新環(huán)境
conda activate rnaseq 輸入完默認(rèn)的就會(huì)轉(zhuǎn)移到rnaseq前面了
測試下新環(huán)境，輸入fastqc 出現(xiàn)一堆信息就是說明可以使用了。
運(yùn)行conda空格deactivate*就是退出當(dāng)前環(huán)境的代碼
image.png
知識點(diǎn)總結(jié)（命令行）
- Tab鍵 自動(dòng)補(bǔ)全
- cd ~/biosoft 進(jìn)入biosoft目錄（也可cd空格b+Tab鍵 自動(dòng)補(bǔ)全）
- wget空格+下載鏈接=下載.sh類型的安裝包
- 解讀
cp /home/doudou/biosoft/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh ~/biosoft - bash空格+下載的.sh腳本=安裝軟件
- source ~/.bashrc=激活conda
- 添加鏡像
換個(gè)鏡像試試，# 先刪除原來的 rm ~/.condarc
切換鏡像
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes
- conda list =顯示安裝的所有軟件列表
- conda search fastqc =搜索fastqc軟件
- conda install fastqc -y =安裝這個(gè)軟件并同意安裝時(shí)的所有提問
- conda remove fastqc -y=卸載軟件并同意
- conda info --envs=查看當(dāng)前conda環(huán)境（envs前面是兩個(gè)--）
- conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y=建立一個(gè)新環(huán)境叫rna-seq，然后指定Python版本是3，并安裝后面兩個(gè)軟件，
- conda activate rna-seq=激活新環(huán)境rna-seq
- conda deactivate =退出當(dāng)前環(huán)境
