寫(xiě)在前面
久前，我開(kāi)放了 TBtools 掰彎熱圖的功能。我自認(rèn)為是TBtools的掰彎熱圖，至少目前還是市面上獨(dú)此一家，同時(shí)，保證了所有人都上手就會(huì)用。這一功能，也已經(jīng)被在一些期刊論文所引用。
無(wú)論是TBtools的Amazing Heatmap，還是后面增加的 掰彎 模式，都只是我個(gè)人開(kāi)發(fā)繪圖引擎 JIGplot 過(guò)程中測(cè)試實(shí)用性而順手寫(xiě)出來(lái)的。然而，可能往往你做的東西不會(huì)得到認(rèn)可，而期間所得到的副產(chǎn)品則更多人喜愛(ài)。
盡管如此，社交網(wǎng)絡(luò)上，總是存在這樣那樣的人，他們或者用與不用你寫(xiě)的工具，但卻一定會(huì)對(duì)你做的事情指指點(diǎn)點(diǎn)。正如：
- ？熱圖有什么？
- ？掰彎的熱圖，又有什么用？
直的不行，那就彎啊
大丈夫，能屈能伸。這個(gè)道理，過(guò)分簡(jiǎn)單。前兩天正好想到一個(gè)不錯(cuò)點(diǎn)，改進(jìn)了JIGplot，于是掰彎熱圖也得到一定的增強(qiáng)。所以，可以用以下兩個(gè)圖片來(lái)回復(fù)上述問(wèn)題。
版面總是有限的。注意到，上述兩張圖的長(zhǎng)寬幾乎一致。經(jīng)典的長(zhǎng)方形熱圖（要么太高，要么太胖），事實(shí)上不利于排版（放不下，要么就字體縮得太小）。用有限的空間展示更多的信息，那么掰彎時(shí)最常見(jiàn)的操作，比如Circos。
開(kāi)放TBtools，轉(zhuǎn)眼近四年。無(wú)論是《生信札記》公眾號(hào)的后臺(tái)，或者是使用交流QQ群（~10,000人在群）。每天我都會(huì)看到這樣那樣的使用問(wèn)題，意見(jiàn)更或者建議。絕大多數(shù)都是善意的，也是好的。但也一直收到各種各樣的惡語(yǔ)，無(wú)論他們用或沒(méi)用過(guò)TBtools，受益或者沒(méi)受益于TBtools。一開(kāi)始，我當(dāng)然是不爽的。后來(lái)，我早就習(xí)慣的，脾氣也慢慢變好了，講真的，現(xiàn)實(shí)中各式各樣的人遇到過(guò)，網(wǎng)絡(luò)上，更奇葩的各式各樣的人，我也遇到過(guò)。真誠(chéng)，欣賞，厭惡，擔(dān)心，陰陽(yáng)等等，其實(shí)也很有趣。你得到了朋友，也會(huì)得到敵人。
好的，那么回到主題，既然我都淡定了，那么為什么還要寫(xiě)這個(gè)推文。
TBtools熱圖功能增強(qiáng)了！
知道我的人都知道，近兩個(gè)月來(lái)，我一直在忙家里的事情。這對(duì)個(gè)人工作的開(kāi)展來(lái)說(shuō)，有利有弊。弊端簡(jiǎn)單且明顯，所有時(shí)間都碎片化，幾乎無(wú)法很好很快地完成一些任務(wù)。好處就是....既然啥都干不了，那就瞎想。瞎想是我個(gè)人從高中養(yǎng)成的習(xí)慣。有些搞不定的問(wèn)題就記著，有碎片化時(shí)間了，比如坐車(chē)，睡不著，那就開(kāi)始想這些問(wèn)題。很多時(shí)候，這些問(wèn)題總會(huì)一個(gè)一個(gè)被解決。昨天，我正好想到了熱圖工具相關(guān)的可增強(qiáng)的點(diǎn)。
渲染速度更快
之前的TBtools版本，繪制十多個(gè)樣本X上千個(gè)基因的熱圖時(shí)，存在一定的卡頓。針對(duì)這個(gè)，我優(yōu)化了：
- 數(shù)據(jù)框加載與讀取邏輯，因?yàn)槭亲约簭牧銓?xiě)的dataframe, 支持了各式各樣的NA,空格，缺列等等
- 數(shù)據(jù)框存儲(chǔ)與操作，....不在使用數(shù)列的數(shù)列，直接使用二維數(shù)組。
- 顏色映射邏輯，熱圖其實(shí)就是畫(huà)性狀，按照一定的尺度進(jìn)行顏色映射，JIGplot原本直接使用我之前寫(xiě)的JJplot2的ColarMapper。小時(shí)候的我Naive，那個(gè)邏輯不行，現(xiàn)在已經(jīng)更新。
....
聚類(lèi)速度更快
與上述類(lèi)似，聚類(lèi)涉及到距離計(jì)算和聚類(lèi)操作，兩個(gè)步驟，我都做了調(diào)優(yōu)。距離的計(jì)算中，通過(guò)存一個(gè)Hash，減少重復(fù)計(jì)算。聚類(lèi)，也是類(lèi)似。
掰彎功能增強(qiáng)
之前的TBtools掰彎熱圖，其實(shí)...不支持列聚類(lèi)，當(dāng)然，并沒(méi)有太多人發(fā)現(xiàn)或者其實(shí)很少人需要對(duì)列聚類(lèi)？不過(guò)這一只是我想做的事情。最后當(dāng)然是完成了。
- 列名能更好的排布
- 列聚類(lèi)樹(shù)終于支持掰彎！
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當(dāng)然還有更多，只是，那些似乎不太值得寫(xiě)出來(lái)。
寫(xiě)在最后
追求卓越，成功就會(huì)緊隨而至，嗎？
