在TCGA中，一個患者可能會對應(yīng)多個樣本，如TCGA-A6-6650可以得到3個樣本數(shù)據(jù)：
TCGA-A6-6650-01A-11R-1774-07
TCGA-A6-6650-01A-11R-A278-07
TCGA-A6-6650-01B-02R-A277-07
大家知道一般在做TCGA數(shù)據(jù)分析的時候樣本名實際上只保留到前四個元素（以”-“分割），例如TCGA-A6-6650-01。所以實際上上示3個樣本一般只保留一個，那該怎么取舍呢？
在取舍之前，當然要先搞清楚樣本命名方式：
我們將此示圖以”-“分割，具體拆開解讀一下：
TCGA：Project, 所有TCGA樣本名均以這個開頭，標志
A6：Tissue source site，組織來源編碼，如A6就表示來源于Christiana Healthcare中心的結(jié)腸癌組織。更多編碼所代表的意義詳見：
https://gdc.cancer.gov/resources-tcga-users/tcga-code-tables/tissue-source-site-codes
6650：Participant, 參與者編號
01：Sample, 這兩個數(shù)字可以說是最關(guān)鍵、最被大家注意的，其中編號0109表示腫瘤，1019表示正常對照，如下：
https://gdc.cancer.gov/resources-tcga-users/tcga-code-tables/sample-type-codes
所以在TCGA樣本名中，這個位置最常見的就是01和11，當然偶爾也會有其他的數(shù)字
A：Vial, 在一系列患者組織中的順序，絕大多數(shù)樣本該位置編碼都是A; 很少數(shù)的是B，表示福爾馬林固定石蠟包埋組織，已被證明用于測序分析的效果不佳，所以不建議使用-01B的樣本數(shù)據(jù)：
所以命名至此，已經(jīng)可以開始用于區(qū)別不同的樣本了，以下將是更細節(jié)的描述：
11：Portion, 同屬于一個患者組織的不同部分的順序編號，同一組織會分割為100-120mg的部分，分別使用
R：Analyte, 分析的分子類型，對應(yīng)關(guān)系如下所示：
https://gdc.cancer.gov/resources-tcga-users/tcga-code-tables/portion-analyte-codes
1774：Plate, 在一系列96孔板中的順序，值大表示制板越晚
07：Center, 測序或鑒定中心編碼，更多編碼詳見：
https://tcga-data.nci.nih.gov/datareports/codeTablesReport.htm?codeTable=center
一個借鑒的圖片：
更多內(nèi)容詳見：
https://wiki.nci.nih.gov/display/TCGA/TCGA+barcode
http://docs.cavatica.org/docs/tcga-grch38-metadata
所以現(xiàn)在看這三個樣本：
TCGA-A6-6650-01A-11R-1774-07
TCGA-A6-6650-01A-11R-A278-07
TCGA-A6-6650-01B-02R-A277-07
其區(qū)別就在于，前兩個使用的是患者的冰凍組織做的測序，而第三個用的是福爾馬林固定石蠟包埋組織；而前兩個樣本的區(qū)別在于同一組織后續(xù)使用了不同的96孔板。
理解了命名規(guī)則及三者命名上的主要區(qū)別后，現(xiàn)在可以重點解決如何從一個患者的多個樣本中挑選樣本的問題了，首先排除TCGA-A6-6650-01B-02R-A277-07，因為是-01B，福爾馬林固定石蠟包埋組織！剩下的兩個：
TCGA-A6-6650-01A-11R-1774-07
TCGA-A6-6650-01A-11R-A278-07
先看看GDAC firehose遇到這種情況怎么解決，總結(jié)起來就是：
1、對RNA數(shù)據(jù)來說，Analyte為R的優(yōu)先級最該，其次是R和T，而對于DNA層面的分析來說，D的優(yōu)先級最高。
2、如果Analyte相同，那就選擇Portion和/或Plate值更大的。
所以按照GDAC firehose的方法，最終保留TCGA-A6-6650-01A-11R-A278-07，因為其相對于TCGA-A6-6650-01A-11R-1774-07的板號(Plate)更晚：
https://github.com/BioinformaticsFMRP/TCGAbiolinks/issues/163
雖然看起來可能這么選比較準確，但是稍微有些麻煩~
然后是cBioPortal中的處理方式：
隨機選擇了一個，理由很簡單啊，來源于同一個患者的癌組織樣本差別不大，小編隨機測試了兩個樣本，表達相關(guān)性值是大于0.8的。
所以如果遇到需要選擇的時候，就仁者見仁了，建議天秤座的小伙伴們也不要太糾結(jié)到底哪個最好，當然如果你有不同的意見和看法，歡迎交流討論！
————————————————
