更多內(nèi)容在個(gè)人主頁
less/more
less和more查看文件都可以，包括對(duì)于很大的文件都可以很方便的打開。壓縮格式也可以直接打開。
-m 顯示類似于more命令的百分比。 -N 顯示行號(hào)。 -S 格式化顯示。
less -S nt.tar.gz
head / tail
輸出文件的開始/末尾n行。默認(rèn) 10 行，加-n進(jìn)行設(shè)置，利用管道可以取文件中間行。
$ head -40 a.txt | tail -n 20 #取文件第 21~40 行
$ head -n 20 a.txt #取文件前20行
$ tail -n 15 a.txt #輸出文件后15行
gzip/bzip2
gzip和bzip2是文件壓縮工具，加上un為解壓縮。
-a或--ascii 使用ASCII文字模式。
-c或--stdout或--to-stdout 把壓縮后的文件輸出到標(biāo)準(zhǔn)輸出設(shè)備，不去更動(dòng)原始文件。
-d或--decompress或----uncompress 解開壓縮文件。
-f或--force 強(qiáng)行壓縮文件。不理會(huì)文件名稱或硬連接是否存在以及該文件是否為符號(hào)連接。
-h或--help 在線幫助。
-l或--list 列出壓縮文件的相關(guān)信息。
-L或--license 顯示版本與版權(quán)信息。
-n或--no-name 壓縮文件時(shí)，不保存原來的文件名稱及時(shí)間戳記。
-N或--name 壓縮文件時(shí)，保存原來的文件名稱及時(shí)間戳記。
-q或--quiet 不顯示警告信息。
-r或--recursive 遞歸處理，將指定目錄下的所有文件及子目錄一并處理。
-S<壓縮字尾字符串>或----suffix<壓縮字尾字符串> 更改壓縮字尾字符串。
-t或--test 測(cè)試壓縮文件是否正確無誤。
-v或--verbose 顯示指令執(zhí)行過程。
-V或--version 顯示版本信息。
-<壓縮效率> 壓縮效率是一個(gè)介于1－9的數(shù)值，預(yù)設(shè)值為"6"，指定愈大的數(shù)值，壓縮效率就會(huì)愈高。
--best 此參數(shù)的效果和指定"-9"參數(shù)相同。
--fast 此參數(shù)的效果和指定"-1"參數(shù)相同。
$ gzip a.txt
$ gunzip a.txt.gz
tar
Tape archive，磁帶檔案。
tar是一個(gè)比較復(fù)雜的命令，tar主要用于打包，由于tar能調(diào)用gzip或者bzip2進(jìn)行壓縮，而打包和壓縮經(jīng)常如 windows 系統(tǒng)一樣合并為一個(gè)過程，新手經(jīng)常將二者混淆。
首選項(xiàng)： -c 建立打包檔案，可搭配 -v 來察看過程中被打包的檔名(filename)； -t 察看打包檔案的內(nèi)容含有哪些檔名，重點(diǎn)在察看『檔名』就是了； -x 解打包或解壓縮的功能，可以搭配 -C (大寫) 在特定目錄解開。
輔選項(xiàng)： -j 透過 bzip2 的支持進(jìn)行壓縮/解壓縮：此時(shí)檔名最好為 *.tar.bz2； -z 透過 gzip 的支持進(jìn)行壓縮/解壓縮：此時(shí)檔名最好為 *.tar.gz； -v 在壓縮/解壓縮的過程中，將正在處理的文件名顯示出來！ -f filename -f 后面要立刻接要被處理的檔名！
對(duì)于初學(xué)者，記住c是creat，創(chuàng)建；x是解包；z對(duì)應(yīng)gzip；j對(duì)應(yīng)bzip2即可，所以常用的命令如下：
$ tar -jcvf filename.tar.bz2 A B C # 打包壓縮為 bz2 結(jié)尾文件
$ tar -jxvf filename.tar.bz2 # 解壓縮 .tar.bz2 結(jié)尾文件
$ tar -zcvf filename.tar.gz A B C # 打包壓縮為 gz 結(jié)尾文件
$ tar -zxvf filename.tar.gz # 解壓縮 .tar.gz 結(jié)尾文件
參數(shù)有：
-A或--catenate 新增文件到已存在的備份文件。
-b<區(qū)塊數(shù)目>或--blocking-factor=<區(qū)塊數(shù)目> 設(shè)置每筆記錄的區(qū)塊數(shù)目，每個(gè)區(qū)塊大小為12Bytes。
-B或--read-full-records 讀取數(shù)據(jù)時(shí)重設(shè)區(qū)塊大小。
-c或--create 建立新的備份文件。
-C<目的目錄>或--directory=<目的目錄> 切換到指定的目錄。
-d或--diff或--compare 對(duì)比備份文件內(nèi)和文件系統(tǒng)上的文件的差異。
-f<備份文件>或--file=<備份文件> 指定備份文件。
-F<Script文件>或--info-script=<Script文件> 每次更換磁帶時(shí)，就執(zhí)行指定的Script文件。
-g或--listed-incremental 處理GNU格式的大量備份。
-G或--incremental 處理舊的GNU格式的大量備份。
-h或--dereference 不建立符號(hào)連接，直接復(fù)制該連接所指向的原始文件。
-i或--ignore-zeros 忽略備份文件中的0 Byte區(qū)塊，也就是EOF。
-k或--keep-old-files 解開備份文件時(shí)，不覆蓋已有的文件。
-K<文件>或--starting-file=<文件> 從指定的文件開始還原。
-l或--one-file-system 復(fù)制的文件或目錄存放的文件系統(tǒng)，必須與tar指令執(zhí)行時(shí)所處的文件系統(tǒng)相同，否則不予復(fù)制。
-L<媒體容量>或-tape-length=<媒體容量> 設(shè)置存放每體的容量，單位以1024 Bytes計(jì)算。
-m或--modification-time 還原文件時(shí)，不變更文件的更改時(shí)間。
-M或--multi-volume 在建立，還原備份文件或列出其中的內(nèi)容時(shí)，采用多卷冊(cè)模式。
-N<日期格式>或--newer=<日期時(shí)間> 只將較指定日期更新的文件保存到備份文件里。
-o或--old-archive或--portability 將資料寫入備份文件時(shí)使用V7格式。
-O或--stdout 把從備份文件里還原的文件輸出到標(biāo)準(zhǔn)輸出設(shè)備。
-p或--same-permissions 用原來的文件權(quán)限還原文件。
-P或--absolute-names 文件名使用絕對(duì)名稱，不移除文件名稱前的"/"號(hào)。
-r或--append 新增文件到已存在的備份文件的結(jié)尾部分。
-R或--block-number 列出每個(gè)信息在備份文件中的區(qū)塊編號(hào)。
-s或--same-order 還原文件的順序和備份文件內(nèi)的存放順序相同。
-S或--sparse 倘若一個(gè)文件內(nèi)含大量的連續(xù)0字節(jié)，則將此文件存成稀疏文件。
-t或--list 列出備份文件的內(nèi)容。
-T<范本文件>或--files-from=<范本文件> 指定范本文件，其內(nèi)含有一個(gè)或多個(gè)范本樣式，讓tar解開或建立符合設(shè)置條件的文件。
-u或--update 僅置換較備份文件內(nèi)的文件更新的文件。
-U或--unlink-first 解開壓縮文件還原文件之前，先解除文件的連接。
-v或--verbose 顯示指令執(zhí)行過程。
-V<卷冊(cè)名稱>或--label=<卷冊(cè)名稱> 建立使用指定的卷冊(cè)名稱的備份文件。
-w或--interactive 遭遇問題時(shí)先詢問用戶。
-W或--verify 寫入備份文件后，確認(rèn)文件正確無誤。
-x或--extract或--get 從備份文件中還原文件。
-X<范本文件>或--exclude-from=<范本文件> 指定范本文件，其內(nèi)含有一個(gè)或多個(gè)范本樣式，讓ar排除符合設(shè)置條件的文件。
-z或--gzip或--ungzip 通過gzip指令處理備份文件。
-Z或--compress或--uncompress 通過compress指令處理備份文件。
-<設(shè)備編號(hào)><存儲(chǔ)密度> 設(shè)置備份用的外圍設(shè)備編號(hào)及存放數(shù)據(jù)的密度。
--after-date=<日期時(shí)間> 此參數(shù)的效果和指定"-N"參數(shù)相同。
--atime-preserve 不變更文件的存取時(shí)間。
--backup=<備份方式>或--backup 移除文件前先進(jìn)行備份。
--checkpoint 讀取備份文件時(shí)列出目錄名稱。
--concatenate 此參數(shù)的效果和指定"-A"參數(shù)相同。
--confirmation 此參數(shù)的效果和指定"-w"參數(shù)相同。
--delete 從備份文件中刪除指定的文件。
--exclude=<范本樣式> 排除符合范本樣式的文件。
--group=<群組名稱> 把加入設(shè)備文件中的文件的所屬群組設(shè)成指定的群組。
--help 在線幫助。
--ignore-failed-read 忽略數(shù)據(jù)讀取錯(cuò)誤，不中斷程序的執(zhí)行。
--new-volume-script=<Script文件> 此參數(shù)的效果和指定"-F"參數(shù)相同。
--newer-mtime 只保存更改過的文件。
--no-recursion 不做遞歸處理，也就是指定目錄下的所有文件及子目錄不予處理。
--null 從null設(shè)備讀取文件名稱。
--numeric-owner 以用戶識(shí)別碼及群組識(shí)別碼取代用戶名稱和群組名稱。
--owner=<用戶名稱> 把加入備份文件中的文件的擁有者設(shè)成指定的用戶。
--posix 將數(shù)據(jù)寫入備份文件時(shí)使用POSIX格式。
--preserve 此參數(shù)的效果和指定"-ps"參數(shù)相同。
--preserve-order 此參數(shù)的效果和指定"-A"參數(shù)相同。
--preserve-permissions 此參數(shù)的效果和指定"-p"參數(shù)相同。
--record-size=<區(qū)塊數(shù)目> 此參數(shù)的效果和指定"-b"參數(shù)相同。
--recursive-unlink 解開壓縮文件還原目錄之前，先解除整個(gè)目錄下所有文件的連接。
--remove-files 文件加入備份文件后，就將其刪除。
--rsh-command=<執(zhí)行指令> 設(shè)置要在遠(yuǎn)端主機(jī)上執(zhí)行的指令，以取代rsh指令。
--same-owner 嘗試以相同的文件擁有者還原文件。
--suffix=<備份字尾字符串> 移除文件前先行備份。
--totals 備份文件建立后，列出文件大小。
--use-compress-program=<執(zhí)行指令> 通過指定的指令處理備份文件。
--version 顯示版本信息。
--volno-file=<編號(hào)文件> 使用指定文件內(nèi)的編號(hào)取代預(yù)設(shè)的卷冊(cè)編號(hào)。
wc
Word Count 統(tǒng)計(jì)文件中，行數(shù)，單詞數(shù)，字符數(shù)。
-l filename 報(bào)告行數(shù)；
-c filename 報(bào)告字節(jié)數(shù)；
-m filename 報(bào)告字符數(shù)；
-w filename 報(bào)告單詞數(shù)。
sort
排序，默認(rèn)按第一列排序，可以通過-k進(jìn)行設(shè)置；默認(rèn)排序規(guī)則為按 ASCII 碼排序，可以通過-n進(jìn)行修改；-r取相反方向；
-n 依照數(shù)值的大小排序。 -o 將排序后的結(jié)果存入指定的文件。 -r 以相反的順序來排序。 -t 指定排序時(shí)所用的欄位分隔字符。 -k 選擇以哪個(gè)區(qū)間進(jìn)行排序。
grep
文本搜索工具，類似于正則表達(dá)式搜索，可以在一個(gè)大的文件中快速搜索到滿足一定規(guī)則的內(nèi)容。
常用參數(shù)如下：
-i：忽略大小寫進(jìn)行匹配。
-v：反向查找，只打印不匹配的行。
-n：顯示匹配行的行號(hào)。
-r：遞歸查找子目錄中的文件。
-l：只打印匹配的文件名。
-c：只打印匹配的行數(shù)。
#案例一：統(tǒng)計(jì)fasta文件中序列的條數(shù)；
grep -c ">" gene.ffn
#案例二：輸出滿足條件的序列；
grep -A "3 gi 29732 34486" lastz.axt
#案例三：篩選出不滿足條件的內(nèi)容；
ps -fx | grep -v "S"
df
disk free. 查看磁盤消耗及配額。會(huì)顯示總存儲(chǔ)、使用存儲(chǔ)及可用存儲(chǔ)。
-a 顯示全部文件系統(tǒng)； -h 文件大小友好顯示； -l 只顯示本地文件系統(tǒng)； -i 顯示 inode 信息； -T 顯示文件系統(tǒng)類型。
$ df -h ./ #顯示當(dāng)前文件夾所在盤的磁盤消耗情況
du
查看目錄/文件大小，一般加 -h 參數(shù)，表示以G/M/K等單位顯示，方便閱讀
$ du -sh dirname/
which
which 查看可執(zhí)行文件的位置，在PATH變量指定的路徑中查看系統(tǒng)命令是否存在及其所在位置。
$ which python #查看python是否在系統(tǒng)環(huán)境中及安裝路徑
chmod
Change mode. 用于修改文件權(quán)限，Linux 基礎(chǔ)權(quán)限可以包括ugo模式以及421模式。
Linux中一般包括三種模式，分別為r:可讀(4) w:可寫(2) x:可執(zhí)行(1)
$ ll index.sh #原始權(quán)限,三個(gè)字符為一組，分別代表本人、同組、其他人的權(quán)限
-rwxr-xr-x. root root Oct : index.sh
#421模式修改
$ chmod 644 index.sh #修改為本人可讀可寫(4+2=6)權(quán)限；同組及其他人為可讀權(quán)限
$ ll a1.index.sh
-rw-r--r--. root root Oct : index.sh
#ugo模式修改
$ chmod ug+x a1.index.sh #給本人(u)、及同組(g)人員添加可執(zhí)行權(quán)限
$ ll a1.index.sh
-rwxr-xr--. root root Oct : a1.index.sh
