水生生態(tài)系統(tǒng)中的微生物尤其微妙。共生與協(xié)同作戰(zhàn)，使得盡管單一個微生物是那么脆弱，那么嬌氣，但只要它們長在一塊，就非常堅韌，非常頑強。

微生物因為太小，它們獲得營養(yǎng)的方式是通過擴散而不是“吃”進入。所以，對于環(huán)境中的大分子營養(yǎng)素，如蛋白質(zhì)、脂肪、淀粉或甚至纖維素等，微生物只有先分泌水解酶和消化酶，將這些物質(zhì)分解成可以直接通過擴散而吸收的氨基酸、單糖或更小的物質(zhì)。

世間任何生物都需要新陳代謝，微生物也不例外。微生物由于個體小，結(jié)構(gòu)簡單，沒有專門用于攝取營養(yǎng)的器官。因此，微生物的營養(yǎng)物質(zhì)的吸收以及代謝產(chǎn)物的排出都是依靠細胞膜的功能來完成的。

大分子的營養(yǎng)物質(zhì)（如蛋白、脂肪和多糖）需要由微生物分泌的胞外酶事先水解成可溶性小分子才能吸收。