當(dāng) Salmon 構(gòu)建 index 秒失敗時(shí)應(yīng)該反思哪里

操作環(huán)境：Win10 Ubuntu子系統(tǒng)

1. 下載參考轉(zhuǎn)錄組

下載傳送門(mén)：http://ftp.ensembl.org/pub/release-76/fasta/homo_sapiens/cdna/Homo_sapiens.GRCh38.cdna.all.fa.gz

由于 wget 下載速度太慢，用了神奇的Motrix軟件分分鐘成功下載到本地。

就是來(lái)自技能樹(shù)推文的安利之一，推文傳送門(mén)：https://mp.weixin.qq.com/s/whx-n1ktT58WHhWAUa06dw


就是它??

然后直接將 Homo_sapiens.GRCh38.cdna.all.fa.gz 拖到子系統(tǒng)的工作路徑下。

2. Salmon 構(gòu)建 index

假設(shè)已經(jīng)裝好了 Miniconda.

2.1 在小環(huán)境中安裝 Salmon

conda create --name rnaseq
conda activate rnaseq
conda install -y salmon

2.2 構(gòu)建 index

失敗第一回

salmon index -t Homo_sapiens.GRCh38.cdna.all.fa.gz -i homo38_index

[Error reading from the FASTA/Q stream. Make sure the file is valid.]

難道是文件不完整嗎，抱著這種想法甚至重新下載了1n遍。

失敗第二回

看了別人構(gòu)建好的 index, 里面有 .json 文件，難道是和網(wǎng)速有關(guān)？

開(kāi)著戰(zhàn)五渣的手機(jī)熱點(diǎn)，依然 [Error reading from the FASTA/Q stream. Make sure the file is valid.] .

失敗最終回/成功第一回

查看文件詳細(xì)信息：

ls -lh

沒(méi)有權(quán)限，毫無(wú)權(quán)限。

那么就來(lái)修改權(quán)限???♂?

chmod 777 Homo_sapiens.GRCh38.cdna.all.fa.gz

這是墜吼的

salmon index -t Homo_sapiens.GRCh38.cdna.all.fa.gz -i homo38_index

所以構(gòu)建 index 秒失敗應(yīng)該反思哪里呢

  • 文件完整性，有必要
  • 網(wǎng)速，闊以，么得必要
  • 文件權(quán)限，非常必要，尤其用了除 wget 以外的騷操作下載

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