寫在前面
前述介紹了如何在「Windows」下安裝 WSL2+Docker。類似的操作，可以更為簡單的在 MacOS 或者 Linux 下實(shí)現(xiàn)。一切目的，我們要的就是「使用 Docker 進(jìn)行便捷的生物信息學(xué)數(shù)據(jù)分析」。
本文將會介紹幾個docker常用命令。
鏡像搜索
當(dāng)我們知道自己需要什么軟件，如 emboss 套裝，或者是 Blast+ 套裝，那么無論在什么操作系統(tǒng)下，只需要運(yùn)行
docker search emboss
更全面可靠的方式是直接到網(wǎng)頁搜索
https://hub.docker.com/search?type=image
搜索 emboss 相關(guān)鏡像
點(diǎn)擊 TAG，查看有哪些可用版本
鏡像下載
確定好要下載的鏡像，我們就可以直接下載鏡像
docker pull biocontainers/emboss:v6.6.0dfsg-7b1-deb_cv1
注意到，下述類似的常用pull命令可能失效，因?yàn)橛幸恍╃R像，并無默認(rèn)的 latest 標(biāo)簽
docker pull biocontainers/emboss
回車后開始安裝
安裝完成如下
查看目前已有鏡像
docker image list
使用鏡像
docker run biocontainers/emboss:v6.6.0dfsg-7b1-deb_cv1 needle -h
注意到，其中needle -h，即我們要使用鏡像中實(shí)際程序的命令。
準(zhǔn)備輸入數(shù)據(jù)
注意到，這些文件放置在
C:\Users\CJ\Desktop\園藝植物生物信息學(xué)實(shí)踐\課件\第二周
請按自己的需要調(diào)整路徑
直接執(zhí)行模式
對于絕大多數(shù)程序，可以直接執(zhí)行后退出，故可用
docker run -v C:\Users\CJ\Desktop\園藝植物生物信息學(xué)實(shí)踐\課件\第二周:/scauclass -w /scauclass biocontainers/emboss:v6.6.0dfsg-7b1-deb_cv1 needle -asequence AtARF5.fa -bsequence AtARF19.fa -outfile abc.txt -gapopen 10 -gapextend 0.5
注意到，其中-v參數(shù)用于映射路徑，理解為將當(dāng)前操作系統(tǒng)的目錄C:\Users\CJ\Desktop\園藝植物生物信息學(xué)實(shí)踐\課件\第二周映射到 docker 鏡像中的目錄/scauclass。而-w目錄即docker鏡像中調(diào)用程序的工作目錄，本例中在/scauclass中執(zhí)行。
交互執(zhí)行模式
對于一些工作需求，或者一些程序要求，只能在交互模式下使用，那么注意添加-it參數(shù)。
docker run -v C:\Users\CJ\Desktop\園藝植物生物信息學(xué)實(shí)踐\課件\第二周:/scauclass -w /scauclass -it biocontainers/emboss:v6.6.0dfsg-7b1-deb_cv1 needle -asequence AtARF5.fa -bsequence AtARF19.fa
無論是使用哪種模式，都可以得到結(jié)果文件。
寫在最后
Emmm，比較簡單。docker 本身是打包各類。感興趣的朋友建議做相關(guān)鏈接。當(dāng)然也可以自行構(gòu)建鏡像。事實(shí)上，我主要是做網(wǎng)站搭建時使用docker。不過現(xiàn)在docker能做的事情太多了。
此外，對于一些計算集群，可能要使用 singularity 容器。邏輯上，所有 docker 鏡像，都可以轉(zhuǎn)換成 singularity 鏡像，從而直接在集群上使用。簡單來說... 只要掌握 docker 使用，就可以直接應(yīng)用到其他任何平臺，windows、Linux、Mac。
