RNA-seq上游分析（1）使用fastqc對原始數(shù)據(jù)進行質(zhì)量評估

使用fastqc對原始數(shù)據(jù)進行質(zhì)量評估


# 激活conda環(huán)境
conda activate trans

對合并后的文件進行批量治療


# 使用FastQC軟件對單個fastq文件進行質(zhì)量評估，結(jié)果輸出到qc/文件夾下
cd /media/zk/crlm/qc

qcdir=/media/zk/crlm/qc
fqdir=/media/zk/crlm/CRLM_RNAseq/Result-P101SC18100875-01-J014-B14-21/cleanall

fastqc -t 16 -o $qcdir $fqdir/31-AC-WBC_FRAS202378781-1r_1.clean.fq.gz

# 多個數(shù)據(jù)質(zhì)控
fastqc -t 16 -o $qcdir $fqdir/*.clean.fq.gz

# 使用MultiQc整合FastQC結(jié)果
multiqc *.zip
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