1.常用門戶：
美國國家生物技術(shù)信息中心(NCBI)：https://www.ncbi.nlm.nih.gov
歐洲生物信息學(xué)研究所(EMBL-EBI)：https://www.ebi.ac.uk
UCSC Genome：http://genome.ucsc.edu
國際生物信息學(xué)動態(tài)及會議：http://www.bioinformatics.org
SeqAnswer 國際生物信息技術(shù)問答論壇：http://seqanswers.com
Biostar生物信息技術(shù)問答論壇：https://www.biostars.org
2.DNA和RNA數(shù)據(jù)庫
GeneBank：https://www.ncbi.nlm.nih.gov
EMBL：https://www.ebi.ac.uk
DDBJ：https://www.ddbj.nig.ac.jp/index-e.html
RefSeq：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/refseq/
參考序列數(shù)據(jù)庫收集了從病毒、細(xì)菌到真核生物等主要生物的核酸序列（DNA、RNA）及其蛋白質(zhì)常產(chǎn)物
3.蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫
a.蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫
UniProt：https://www.uniprot.org
PIR：https://proteininformationresource.org
b.蛋白質(zhì)功能域數(shù)據(jù)庫
InterPro：http://www.ebi.ac.uk/interpro/
ExPASy：https://prosite.expasy.org
SMART：http://smart.embl.de
iProClass：https://proteininformationresource.org/pirwww/dbinfo/iproclass.shtml
ProDom：http://prodom.prabi.fr/prodom/current/html/form.php
PRINTS：http://130.88.97.239/PRINTS/index.php
c.蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫
RCSB PDB：http://www.rcsb.org
SCOP：http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk
PDBe：https://www.ebi.ac.uk/pdbe/
PDBj-BMRB：https://bmrbdep.pdbj.org
d.蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù)庫
ConsensusPathDB：http://cpdb.molgen.mpg.de
PRIDE：https://www.ebi.ac.uk/pride/archive
CORUM：https://mips.helmholtz-muenchen.de/corum/
World-2DPAGE：https://world-2dpage.expasy.org/swiss-2dpage/
4.代謝途徑與細(xì)胞調(diào)控數(shù)據(jù)庫
KEGG：https://www.genome.jp/kegg/
Enzyme：https://www.brenda-enzymes.org
IMP：http://imp.princeton.edu
Plantcy：https://www.plantcyc.org
MANET：https://manet.illinois.edu
BioSystems：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/biosystems
Pathguide：http://www.pathguide.org
MapMan：http://mapman.gabipd.org/web/guest
Microme：https://www.microme.eu
SMPDB：https://smpdb.ca
5.非編碼RNA數(shù)據(jù)庫
miRBase：http://www.mirbase.org
AnnoLnc2：http://annolnc.gao-lab.org
piRNABank：http://pirnabank.ibab.ac.in
GtRNAdb：http://gtrnadb.ucsc.edu
Silva：https://www.arb-silva.de
LNCipedia：https://lncipedia.org/db
LncRNAWiki：http://lncrna.big.ac.cn/index.php/Main_Page
NONCODE：http://www.noncode.org
LncRBase：http://bicresources.jcbose.ac.in/zhumur/lncrbase/
siRNA：http://web.mit.edu/sirna/
circBase：http://www.circbase.org
6.基因功能注釋數(shù)據(jù)庫
GO：http://geneontology.org
KEGG：https://www.genome.jp/kegg/
DAVID：https://david.ncifcrf.gov
GOrilla：http://cbl-gorilla.cs.technion.ac.il
BioGPS：http://biogps.org/#goto=welcome
強大的基因和蛋白表達(dá)注釋平臺
7.與人相關(guān)據(jù)庫
GeneCard：https://www.genecards.org/
自動整合125個數(shù)據(jù)庫，包含基因組、轉(zhuǎn)錄組、蛋白組、遺傳、臨床和功能信息的龐大人基因組數(shù)據(jù)庫
GENCODE：https://www.gencodegenes.org/
人和小鼠基因組中的所有基因特征進(jìn)行識別和分類，并釋放這些注釋以利于生物醫(yī)學(xué)研究和基因組解釋
mBiobank：http://www.mbiobank.com/
中國代謝解析計劃
Genecard：https://www.genecards.org
提供基因組，蛋白質(zhì)組，轉(zhuǎn)錄，遺傳和功能上所有已知和預(yù)測的人類基因
ConsensusPathDB：http://consensuspathdb.org
分子功能互作數(shù)據(jù)庫，基于32個公共數(shù)據(jù)庫，整合了人類蛋白質(zhì)相互作用，遺傳相互作用信號，代謝，基因調(diào)控和藥物 - 靶標(biāo)相互作用的信息
Human protein atlas：https://www.proteinatlas.org
人體蛋白在細(xì)胞、組織、病理條件下的表達(dá)
GTEx：https://www.genome.gov/Funded-Programs-Projects/Genotype-Tissue-Expression-Project
UCSC：http://genome.ucsc.edu
1000Genomes：https://www.internationalgenome.org
2008年1月啟動的項目，對來自不同種族群體的一千多名匿名參與者的基因組進(jìn)行了分析，并將數(shù)據(jù)公布于眾
Personal Genome Project：https://www.personalgenomes.org
來自世界各地的100,00名志愿者的人類基因組計劃
OMIM：https://omim.org
一個管理人類基因和人類遺傳疾病特征的數(shù)據(jù)庫
TCGA：https://www.cancer.gov/about-nci/organization/ccg/research/structural-genomics/tcga
Human Epigenome Project：https://www.epigenome.org
Epifactors：https://epigenie.com/epigenetic-tools-and-databases/
MethDB：http://www.methdb.de
Methycancer：http://methycancer.psych.ac.cn/
Oncomine：https://www.oncomine.org/resource/login.html
HUPO：https://hupo.org
Human protein atlas：https://www.proteinatlas.org
dbGaP：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gap/
人基因型與表型互作數(shù)據(jù)庫
8.模式生物數(shù)據(jù)庫
a.植物
Phytozome：https://phytozome.jgi.doe.gov/pz/portal.html
PLANTGDB：http://www.plantgdb.org
Ensembplants：http://plants.ensembl.org/index.html
TAIR：https://www.arabidopsis.org
最全的擬南芥資源數(shù)據(jù)庫
Legume Information System (LIS):https://legumeinfo.org
豆科植物的基因組數(shù)據(jù)庫
BRAD：http://brassicadb.org/brad/
Sol genomics：https://www.solgenomics.net
RGAP：http://rice.plantbiology.msu.edu
RAP-DB：https://rapdb.dna.affrc.go.jp
Gramene：http://www.gramene.org
MAIZECDB：https://www.maizegdb.org
b.鼠
Rat Genome Database (RGD)：https://rgd.mcw.edu/
大鼠基因組數(shù)據(jù)庫
MPD：Mouse Phenome Database：https://phenome.jax.org
Mouse genome：http://www.informatics.jax.org
可以比較小鼠和人類基因組的區(qū)別；查找基因功能及敲除某個基因后導(dǎo)致的表型；人類-小鼠相關(guān)疾病；基因表達(dá)等
Mouse Genome Database(MGD)：http://www.nervenet.org/main/dictionary.html
MGD數(shù)據(jù)庫是整合了國際上實驗室小鼠生物數(shù)據(jù)的資源庫，提供小鼠相關(guān)的基因組、綜合遺傳等信息
Mouse Genetics and Genomics Software and Tools：http://mouse.cs.ucla.edu/
Mouse Genomes Project：https://www.sanger.ac.uk/science/data/mouse-genomes-project
GENCODE：https://www.gencodegenes.org/
人和小鼠基因組中的所有基因特征進(jìn)行識別和分類，并釋放這些注釋以利于生物醫(yī)學(xué)研究和基因組解釋
c.動物
UCSC genome：http://genome.ucsc.edu
Ensemblmetazoa：http://metazoa.ensembl.org/index.html
FlyBase：http://flybase.org
模式生物果蠅的基因組數(shù)據(jù)庫
Zebrafish genome：http://zfin.org
斑馬魚的基因組數(shù)據(jù)庫
Xenbase：http://www.xenbase.org/entry/
Wormbase：https://wormbase.org//#012-34-5
Nematode：http://nematode.net/NN3_frontpage.cgi
模式生物非洲爪蟾（Xenopus tropicalis）和非洲爪蟾（Xenopus laevis）的基因組數(shù)據(jù)庫
Wormbase：https://wormbase.org/#012-34-5
關(guān)于線蟲模式生物秀麗隱桿線蟲的生物學(xué)和基因組在線生物數(shù)據(jù)庫
