在群里看到了一個(gè)問(wèn)題，他用R語(yǔ)言的轉(zhuǎn)置函數(shù)t()對(duì)下面形式的數(shù)據(jù)進(jìn)行了轉(zhuǎn)置

轉(zhuǎn)置前

轉(zhuǎn)置之后的數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)如下

轉(zhuǎn)置后

他發(fā)現(xiàn)轉(zhuǎn)置之后多了一行，也就是有了geneid這一行，和他預(yù)期的不符合。按照預(yù)期，geneid這一行應(yīng)該是成為列名，而不是作為輸出的第一行。那么，為什么會(huì)出現(xiàn)這個(gè)情況呢？這就需要從t()這個(gè)函數(shù)說(shuō)起。

使用?t，你會(huì)得到關(guān)于這個(gè)函數(shù)的函數(shù)說(shuō)明。在函數(shù)的Detials部分中，有這樣一段

A data frame is first coerced to a matrix: see as.matrix. When x is a vector, it is treated as a column, i.e., the result is a 1-row matrix.

即，數(shù)據(jù)框會(huì)先用as.matrix()轉(zhuǎn)成矩陣格式，然后再引用t()，最終你對(duì)一個(gè)數(shù)據(jù)框使用t()函數(shù)時(shí)，你會(huì)得到一個(gè)矩陣，而非原先的data.frame.

舉個(gè)例子:

L3 <- LETTERS[1:3]
fac <- sample(L3, 10, replace = TRUE)
d <- data.frame(x = 1, y = 1:10, fac = fac)
t(d)

轉(zhuǎn)置前

轉(zhuǎn)置后

因?yàn)榫仃囈蟠娣诺膬?nèi)容是同一種數(shù)據(jù)類型，對(duì)于輸入的數(shù)據(jù)框而言，一般都會(huì)有字符串，數(shù)值這些，那么最終都會(huì)被轉(zhuǎn)成字符串。

對(duì)于最開始的問(wèn)題而言，因?yàn)樵鹊臄?shù)據(jù)框的第一列是字符串，那么自然而然會(huì)把所有的數(shù)據(jù)都變成字符串，然后把第一列變成第一行。而如果要實(shí)現(xiàn)他真正的目的，需要先將第第一行變成行名，然后刪掉第一行在轉(zhuǎn)置，也就是

row.names(df) <- df$gene_id
df <- df[,-1]
df <- t(df)

其結(jié)果就是先保證原來(lái)的數(shù)據(jù)框里面都是數(shù)值數(shù)據(jù)，而不是讓第一列充當(dāng)行名。

延伸一下，對(duì)于超過(guò)2維的數(shù)組，我們要用到aperm函數(shù)才能對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行轉(zhuǎn)置。當(dāng)然，超過(guò)二維的轉(zhuǎn)置，你甚至都無(wú)法直觀感受到這是一個(gè)什么過(guò)程。