記錄一下構(gòu)建貝葉斯樹的過程，主要記一下利用jModelTest軟件計(jì)算最佳核苷酸替代模型，用于指導(dǎo)后續(xù)貝葉斯樹的構(gòu)建。
原理學(xué)習(xí)：
jModelTest 2: more models, new heuristics and parallel computing | Nature Methods
jModelTest的使用 - 簡(jiǎn)書
1.安裝：
下載鏈接：jModelTest 2.1.7 - Download, Review, Screenshots
在本地解壓，點(diǎn)擊jModelTest.jar運(yùn)行
2.使用
上傳比對(duì)的文件，我這里是上傳了經(jīng)mafft比對(duì)好了的fasta文件，如果序列多，文件比較大，需要等一會(huì)，下方框框內(nèi)顯示“OK”，即文件加載成功信息，可做后續(xù)分析。
3.計(jì)算似然值
點(diǎn)擊analysis-Compute likelihood scores，會(huì)彈出參數(shù)設(shè)置界面
進(jìn)行參數(shù)設(shè)置
這里設(shè)置參考了這一篇帖子：科學(xué)網(wǎng)—圖解核苷酸替代模型的選擇 - jModelTest 篇(By Raindy) - 高芳鑾的博文
設(shè)置好后點(diǎn)擊Compute就會(huì)開始計(jì)算，這一步需要花一些時(shí)間，可以去做其他事了。我的文件有14Mb，所以計(jì)算了一晚上。
4.選擇計(jì)算標(biāo)準(zhǔn)
AIC、BIC、DT等，常用AIC或BIC，我選擇的是BIC。
前面的分析跑完了的話，選擇計(jì)算標(biāo)準(zhǔn)這里才會(huì)變成可選。
5.顯示結(jié)果表
切換到BIC可看到紅色標(biāo)記的為最佳模型
6.導(dǎo)出html分析結(jié)果
可以看到最佳模型的計(jì)算結(jié)果
后續(xù)的參數(shù)設(shè)置分析和選擇參考了這篇：構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹：貝葉斯法建樹 - 簡(jiǎn)書
如有錯(cuò)誤歡迎指正！
參考資料：
jModelTest的使用 - 簡(jiǎn)書
構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹：貝葉斯法建樹 - 簡(jiǎn)書
科學(xué)網(wǎng)—圖解核苷酸替代模型的選擇 - jModelTest 篇(By Raindy) - 高芳鑾的博文
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