featurecounts的輸出文件

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第一行是運(yùn)行代碼，第一列為基因名，第七列為每個(gè)基因上的count數(shù)，現(xiàn)在要舍去第一行，并只保留第一列和第七列：

cut -f 1,7 SRR830973.counts.txt |grep -v '^#' >SRR830973.fc.txt
#-v: 顯示不包含匹配文本的所有行

#寫循環(huán)處理15個(gè)心衰樣本：
for i in {830973,830974,830975,830976,830977,830978,830979,830980,830981,830982,830983,830984,830985,830987,830988}
do
    cut -f 1,7 SRR${i}.counts.txt|grep -v '^#' >SRR${i}.fc.txt
done

得到如下文件：

SRR830973.fc.txt

接下來(lái)用R分析：
在C:\Users\tdy1995\Desktop\GSE46224文件夾里，腳本為countnew.R，輸入文件為GSE46224里15個(gè)心衰樣本，經(jīng)過STAR比對(duì)及featurecounts計(jì)數(shù)后的txt文件(SRR830973.fc.txt)，輸出文件為表達(dá)矩陣symbol.txt。
然后用perl腳本提取RBP的表達(dá)量，輸入文件為全部基因表達(dá)矩陣symbol.txt、RBP的名字RBPgene.txt，perl腳本為AS.getSFexp.pl，輸出文件為RBPexp.txt。