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我們第一周目標有三個:
- 熟悉Linux環(huán)境
- 登錄服務器
- Linux基本命令
- PATH的意義
- 學習conda管理環(huán)境
- 如何在conda中添加channel
- 如何用conda安裝和卸載軟件
- 如何創(chuàng)建新的環(huán)境和切換環(huán)境
- 數(shù)據(jù)準備
首先，你需要有一個Linux環(huán)境，Windows10用戶可以安裝WSL，MacOS請在應用程序中搜索終端
- Windows10配置WSL: https://linux.cn/article-9545-1.html
- MacOS的環(huán)境配置: https://blog.csdn.net/orangleliu/article/details/47357339
然后，你需要學一些基礎的Linux的命令操作，如下是鳥哥的Linux私房菜的對應鏈接
- 目錄管理:http://linux.vbird.org/linux_basic/0210filepermission.php
- vim使用說明: http://linux.vbird.org/linux_basic/0310vi.php
- shell基礎: http://linux.vbird.org/linux_basic/0320bash.php 中的10.1，10.2，10.3和10.4
再接著你需要用conda安裝如下軟件
- sra-tools: 數(shù)據(jù)下載
- fastqc: 查看數(shù)據(jù)質量
- cutadapt, trimmomatic: 數(shù)據(jù)質控
- star, hisat2: 數(shù)據(jù)比對
- samtools: SAM/BAM文件處理
- subread, htseq: 基因計數(shù)
conda的教程推薦看http://www.itdecent.cn/p/edaa744ea47d
學有余力: 整理網(wǎng)絡上關于這些軟件的資源
接著你得下載如下數(shù)據(jù)：
- 參考基因組序列: 在 http://www.ensembl.org/ 上下載 GRCh38的參考基因組序列
- 注釋文件：在 http://www.ensembl.org/ 上下載 GRCh38 對應的注釋GFF文件
- SRR數(shù)據(jù)：編號為 SRR4820707,SRR4820708, SRR4820709,SRR4820710, SRR4820727, SRR4820728, SRR4820729, SRR4820730 （我上傳了微云，鏈接：https://share.weiyun.com/5lFLZzL）
以上就是第一周的內容了。
