我的生信入門

1. 統(tǒng)計(jì)入門

作為生信的入門課程,統(tǒng)計(jì)學(xué)的學(xué)習(xí)比想象的更為重要
《醫(yī)學(xué)統(tǒng)計(jì)學(xué)(第三版)》李曉松主編,看完前幾章的基礎(chǔ)部分,可以搭配《白話統(tǒng)計(jì)》一起看,完成統(tǒng)計(jì)學(xué)入門。

2. 計(jì)算機(jī)入門

(1)懂得基礎(chǔ)的計(jì)算機(jī)知識(shí),內(nèi)存,cpu都是干什么的之類比較基礎(chǔ)的知識(shí)。
(2)學(xué)會(huì)科學(xué)上網(wǎng),有效的檢索能力,參考我的博文 科研工作者如何合理使用谷歌瀏覽器
(3)基礎(chǔ)的軟件安裝,合理的文件管理,環(huán)境變量的配置等基本操作,不會(huì)什么查什么

3. 生物信息學(xué)入門

(1) linux基本操作
掌握基礎(chǔ)的命令,不會(huì)什么查什么,用的多了,慢慢的積累的就足夠用了 ,可以參考我的文集 http://www.itdecent.cn/nb/44780197
(2)Linux文本處理能力
這里需要掌握的是awk,sed,grep,被稱為L(zhǎng)inux文本處理三劍客的東西,基礎(chǔ)的操作學(xué)會(huì),后面還是需要什么查什么。

Linux.png

(3)掌握一門語言用于分析數(shù)據(jù)和可視化
這里對(duì)于普通的生信人員來說掌握 R 語言作為優(yōu)先選項(xiàng),其次可以學(xué)習(xí) python 。但是隨著在線平臺(tái)的開發(fā),現(xiàn)在很多網(wǎng)站都可以直接丟數(shù)據(jù),然后直接出結(jié)果,如果不是往生信方向發(fā)展,感覺可以直接借助在線網(wǎng)站去做可視化,或者其他數(shù)據(jù)分析。相信以后肯定會(huì)有越來越多的網(wǎng)站,而且個(gè)性化操作也會(huì)越來越多,對(duì)于普通的濕實(shí)驗(yàn)人員來說是個(gè)好事情。
R 語言學(xué)習(xí)需要的參考書:
R for Beginners
R 數(shù)據(jù)科學(xué)
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分享一些好用的可視化作圖網(wǎng)站:
進(jìn)化樹作圖網(wǎng)站—itol
Cytoscape: An Open Source Platform for Complex Network Analysis and Visualization
蛋白互作網(wǎng)絡(luò)圖_string
OmicShare Tools - 基迪奧生物信息繪圖云平臺(tái)
悟空:快速查看與分析數(shù)據(jù)云平臺(tái)
還有很多網(wǎng)站可以,可以自行探索或者搜索,以上平臺(tái)可以解決普通生信所需的絕大多數(shù)圖

4. 復(fù)原一篇文章

用自己的電腦子系統(tǒng)構(gòu)建生物信息學(xué)環(huán)境-1(Win10 Linux子系統(tǒng)的安裝),或者一些云服務(wù)器或者自己的服務(wù)器嘗試跑通一個(gè)流程。初學(xué)者基本都選擇RNAseq流程,這里可以跟著視頻網(wǎng)站學(xué)習(xí),生信技能樹,孟浩巍大佬(b站—鯪魚不會(huì)飛,知乎平臺(tái)—高通量測(cè)序?qū)?/a>(可以學(xué)習(xí)里面的基礎(chǔ)知識(shí),有個(gè)一百問,雖然沒有更完,但是前面講了很多的基礎(chǔ)知識(shí)很受用)),還有基因課張旭東老師的課,選擇一個(gè)認(rèn)真聽下去,跟著復(fù)原每一步操作,理解每一步的目的。我跟的是孟浩巍大佬的課程,然后自己也做了筆記。學(xué)習(xí)課程每個(gè)人有每個(gè)人的講課風(fēng)格,找到合適的那個(gè)聽下去就行,很多知識(shí)都是大同小異。學(xué)習(xí)期間涉及的知識(shí)需要自行檢索的及時(shí)檢索做好筆記(建議做電子筆記,有道云筆記,語雀等選一個(gè)用就行,如果想分享就用簡(jiǎn)書、CSDN等都可以,建議掌握 Markdown 語法,并不難,可以做出想要的筆記效果)。
完整轉(zhuǎn)錄組RNAseq分析流程(tophat2+cufflink+cuffdiff)
RNAseq 分析后 R 結(jié)果可視化volcano plot和heatmap(火山圖和熱圖)
GO,KEGG,DO 富集分析

5. 小結(jié)語

這里只是作為一個(gè)同樣是剛剛走上生信道路的小白的學(xué)習(xí)路徑,可能會(huì)不斷有新的更新或者其他感悟,目前就是這樣。一年多的研究生生涯走來發(fā)現(xiàn)在這條路上能碰到貴人是你的榮幸,碰不到也沒關(guān)系,最終很多是的事情還是需要靠自己去完成,很難找得到愿意無私奉獻(xiàn)去幫助你的人。學(xué)習(xí)道路上盡管也走了一些彎路,盡管還是要干很多實(shí)驗(yàn)室的雜活,還有一些濕實(shí)驗(yàn)和一些生產(chǎn)實(shí)驗(yàn),但是會(huì)一直抽出時(shí)間去學(xué)習(xí),學(xué)習(xí)進(jìn)程雖然緩慢(一些和我同時(shí)學(xué)習(xí)的同學(xué)已經(jīng)走的很遠(yuǎn)很遠(yuǎn)),實(shí)驗(yàn)的方向也不清晰,或許人生的道路也是如此,落后與模糊。但是希望就像電影回到未來的臺(tái)詞那樣Where we're going we don't need roads,我們的未來也是不需要沿著別人的路去走,自己也能走出一片天地。

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