運行picard遇到一個錯誤: "java.io.IOException: No space left on device"

這幾天在跑重測序的流程，自己去年的這個時候整理過，之后在幾個服務(wù)器上都跑過，沒出現(xiàn)什么問題，然而又換了一個服務(wù)器之后在picard排序和標(biāo)記(PCR)重復(fù)這兩步頻繁報錯。報錯信息如題，起初以為是磁盤容量不夠，但查詢之后發(fā)現(xiàn)還剩很多，折騰了大半天之后在谷歌上找到了解決辦法，見https://www.biostars.org/p/42613/。

原命令

java -Xmx2g -jar ${picard_path} SortSam I=${bam_info}.bam  O=${bam_info}.s.bam SO=coordinate
java -Xmx2g -jar ${picard_path} MarkDuplicates I=${bam_info}.s.bam O=${bam_info}.sm.bam M=${bam_info}.markdup_metrics.txt

修改之后

java -Xmx2g -Djava.io.tmpdir=./tmp -jar ${picard_path} SortSam I=${bam_info}.bam  O=${bam_info}.s.bam SO=coordinate TMP_DIR=./tmp
java -Xmx2g -Djava.io.tmpdir=./tmp -jar ${picard_path} MarkDuplicates I=${bam_info}.s.bam O=${bam_info}.sm.bam M=${bam_info}.markdup_metrics.txt TMP_DIR=./tmp
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