LD衰減距離--haploview

可以使用haploview進(jìn)行計(jì)算LD衰減值和畫(huà)單倍型塊圖塊，這個(gè)軟件可以輸入多種不同的文件格式：Linkage Format、Phased Haplotypes、HapMap Project Data Dumps、PHASE Format、Marker Information File、PLINK Format、Batch Load File。

wget -c https://www.broadinstitute.org/ftp/pub/mpg/haploview/Haploview.jar  #下載包是Java包，不用安裝直接調(diào)用就可以了
wget -c https://www.broadinstitute.org/ftp/pub/mpg/haploview/Samples.zip  #下載練習(xí)文件
unzip Samples.zip  #解壓縮
java -jar Haploview.jar -h  #查看幫助文檔
java -jar Haploview.jar -n -q -log sample.log -pedfile sample.ped -info sample.info -skipcheck -blockoutput GAB -png -check -mendel -dprime -compressedpng  #運(yùn)行程序
haplotype block

參考：
計(jì)算LD decay(LD衰減)
關(guān)聯(lián)分析LD計(jì)算的問(wèn)題
重測(cè)序SCI標(biāo)配——LD衰減圖解讀
群體遺傳分析—LD連鎖不平衡
ld衰減圖制作工具

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