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最近在做群體結(jié)構(gòu)分析，群體結(jié)構(gòu)三劍客：structure、pac和kinship。這邊我主要用的軟件是structure，畢竟比較老牌，正常一個(gè)K值只要1天時(shí)間，我感覺還能接受。在structure獲得輸出結(jié)果后，需要利用CLUMPP對(duì)多次循環(huán)的K矩陣進(jìn)行合并。

CLUMPP的安裝

官網(wǎng)網(wǎng)址：https://web.stanford.edu/group/rosenberglab/clumpp.html，進(jìn)行簡(jiǎn)單的一個(gè)注冊(cè)之后，就可以跳轉(zhuǎn)到下載鏈接。
下載與安裝

wget https://web.stanford.edu/group/rosenberglab/software/CLUMPP_Linux64.1.1.2.tar.gz
tar zxvf CLUMPP_Linux64.1.1.2.tar.gz #解壓即可用

CLUMPP的使用

對(duì)structure的循環(huán)結(jié)果進(jìn)行提取，構(gòu)建成CLUMPP的輸入文件格式。

CLUMPP的示例數(shù)據(jù)格式為：

在這里插入圖片描述

因?yàn)檫@里他也是K值為3的時(shí)候，所以只有5列。
第1列：材料編號(hào)
第2-4列：K的成分比例
第5列：?jiǎn)沃甑臄?shù)目(通常取1即可）

下面為我提取structure的結(jié)果的一個(gè)腳本，我設(shè)置的循環(huán)數(shù)為5，分別從0-4，結(jié)果文件分別為structure.out.3.0_f，structure.out.3.1_f，structure.out.3.2_f，structure.out.3.3_f，structure.out.3.4_f。

my(@line,$flag,$num,$i);
open OUT, ">241map.popfile";    #文件輸出名
for($i=0;$i<=4;$i++){
        $flag=0;
        $num=1;
        open IN, "structure.out.3.".$i."_f";    # 只針對(duì)K=3
        while(<IN>){
                chomp;
                if(/^Inferred ancestry/){
                        $flag=1;
                }
                if($flag==1){
                        @line=split/\s+/;

                        if(scalar(@line)==8){
                             print OUT $num.": ".$line[5]." ".$line[6]." ".$line[7]." 1\n";
                        }elsif(scalar(@line)==7){
                                print OUT $num.": ".$line[4]." ".$line[5]." ".$line[6]." 1\n";
                        }
                }

                if(/Estimated Allele Frequencies in each cluster/){
                        $flag=0;
                }
                $num++;
        }
        print OUT "\n";
}