打開后主界面

今天我們介紹一款全平臺可以使用的多序列比對工具，那就是Jalview，它的功能非常強大，但是我們今天講解最基本的多序列比對及結(jié)果輸出。

1. 導入序列

你可以導入你的fasta格式的序列，也有其他很多種形式的格式，自行選擇。

很多種文件格式

2. 多序列比對

序列載入之后，出現(xiàn)的畫面。最下面是一些注釋信息，你可以選擇去掉，或者保留。

選擇所有序列后，開始進行序列比對，選擇相應的比對算法，我這里選擇muscle方法，并且是默認參數(shù)。

開始比對序列

3. 去掉多余的信息并且分行顯示

為了輸出多序列比對結(jié)果，我們將不必要的信息隱藏，然后盡量美觀的顯示序列比對結(jié)果。

4. 相似性顯示不同顏色，進行美化

一般我們要區(qū)分一致性高低的氨基酸，并通過不同顏色來進行更好的可視化。

美化比對結(jié)果

5. 導出圖片

圖片格式有很多種，你可以選擇不同的格式，一邊我們就選PNG，如果要高質(zhì)量發(fā)表水平的，你可以選擇svg或則eps格式。

圖片導出