2.ANOVA 使用R計算詳解

首先先明確幾個概念(例子以SLR說明,MLR同理)

1. Y=β01X12X2+...βpXp+e

此式代表著數(shù)據(jù)點的值,也就是觀測到的值, p代表predictor的個數(shù), Xp在矩陣中實際上為Xi,p, i代表第i個數(shù)據(jù)
這里β01,e等都是未知的,只有觀測到的每個數(shù)據(jù)(Yi,X1,X2,...Xp)是已知的

2. β01\hat{Y}

β0代表Y軸上的截距,可能并沒有含義(具體看定義)
β1代表X1每上升1,其它X固定,對應Y上升量為β1
由于β01是未知的,我們采用\hat{β_0},\hat{β_1}來模擬β01的真實值獲得擬合直線.顯然當\hat{β_0},\hat{β_1}帶入1.的公式中,此時的Y也應該用\hat{Y}來表示. 這里\hat{Y}實際表示\hat E(Y|X=x),也可寫成\hat μ_{Y|X},表示X=x時的平均值
例如: 假設我們有10個病人,我們想知道吃完降壓藥后血壓下降和時間是否有線性關(guān)系,X1可以取幾個值: 10,20,30,50min.... 通過公式得到的\hat E(Y|X=40)實際上代表10個人血壓在40min時的平均值.

3.\hat{Y}_{pred|x_0}

顯然\hat{Y}僅能作為預測的樣本平均值.對于每一個個體如果我們選取X0,對應Y用\hat{Y}_{pred|x_0}來表示.雖然我們不知道\hat{Y}_{pred|x_0}的具體值,但是我們能估計其分布:
(1)均值:均值為\hat μ_{Y|X}**,且為μ_{Y|X}的無偏估計;
(2)95%CI: X=x0時對應的95%CI 為\hat μ_{Y|x_0} ± t_{n-1-p,1-α/2}* S_{\hat Y|x_0}
(3)方差:variance由兩部分組成: 個體的差異σ^2(如每個人血壓差異,同一個人每次量血壓也有差異) + 抽樣樣本對真實均值的偏離Var(\hat μ_{Y|X})
Var(\hat{Y}_{pred|x_0})=Var(\hat μ_{Y|X})+σ^2
具體怎么算可以自己推導,這里很容易理解:σ^2不會變化,但抽樣的樣本數(shù)量增加,樣本均值會更接近總體均值,Var(\hat μ_{Y|X})會變小

使用隨機生成的5個數(shù)據(jù)作為示例

x1 <- rnorm(5)
x2 <- rnorm(5) #按標準正態(tài)分布生成5個數(shù)字
y <- c(1,2,3,4,5)
xy.lm <- lm(y~x1+x2) #選擇因變量和自變量

#直接進行分析
summary(xy.lm)
#或
anova(xy.lm)

結(jié)果解讀:

image.png

先看Summary
Coefficients中β012,即左邊對應的系數(shù).estimate就是\hat β,然后是\hat β的標準差.
t-test和F-test沒有本質(zhì)上的區(qū)別.如果T~ Tn-2 那么T2~ F1,n-2 .這里可以看到t2的值=F,p值也是相同的.
H0為βi=0 (Y和Xi沒有線性相關(guān)關(guān)系)

跳過summary先講Sum Sq和Mean Sq
SSEresidual(殘差)的平方和,即\sum(y_i-\hat y_i)^2
SSR來自回歸模型(regression)\sum(\hat y_i-\overline y_i)^2
SSY/SST 來自Y的總體:\sum(y_i-\overline y_i)^2
MSR=SSR/p
MSE=SSE/(n-1-p)
F=MSR/MSE 如果β1=0,模型會是一條水平直線,導致MSR=0.也就是說越是β1≠0,F會越大,就可以拒絕H0,但不能說明擬合程度好
R2: R2=(SSY-SSE)/SSY=SSR/SSY 意思是X回歸的方差占Y的總方差的比例,代表在回歸直線上的集中程度 (簡單理解為誤差比例越小,擬合度越好)
Adjusted R2: R2adj=1-(SSE/(n-p-1))/(SST/(n-1)) 可按預測自變量數(shù)目p進行調(diào)整. 當X很多時R2會過大導致無法代表擬合程度,但是會限制額外的自變量.
注意anova()使用的是Type I,和變量的順序有關(guān).更常使用anova(lm, type="III") 或anova(model1, model2) 研究每一個變量對模型的貢獻

分步計算過程

找找對應關(guān)系
想想怎么計算\hat{Y}_{pred|x_0}的均值,95%CI和標準差 (公式見開頭)

將XY轉(zhuǎn)化為矩陣,構(gòu)造design matrix
Y<-matrix(y)
X <- matrix(c(rep(1,5), x1, x2), nrow=5,byrow=F)
Xt <- t(X)
求H matrix;I,J輔助陣
矩陣相乘使用%*%
H <- X%*%solve(Xt%*%X)%*%Xt
J_n<-matrix(rep(1,5*5),nrow=5)
I_n <-diag(5)
Sum square
SStot <- t(Y)%*%(I_n - J_n/5)%*%Y #J/5 對應5個數(shù)據(jù)
SSreg <- t(Y)%*%(H - J_n/5)%*%Y
SSerr <- t(Y)%*%(I_n - H)%*%Y
print("SST    SSR    SSE");print(paste(SStot,SSreg,SSerr,sep="    "))

print("MSE");print(MSE<- as.numeric(SSerr/(5-3)))
varhate<- MSE*(I_n-H)
image.png
\hat β, COV(β), SE of β
betahat <- solve((Xt%*%X))%*%Xt%*%Y 
print("betahat");print(betahat)
print("Cov of beta");print(cov_betas <- MSE*solve(t(X)%*%X))
print("se of beta");print(se_betas <- sqrt((diag(diag(cov_betas)))))
image.png
\hat Y
yhat<-X%*%betahat
    #or yhat<-H%*%Y
print("Yhat");print(yhat)
F statistic (總體)
print(MSreg <- SSreg/2) #2個X
Fstat <- MSreg/MSE
print(Fstat)
pvalF <- 1-pf(Fstat, 1, 5-3)
print(paste(Fstat,pvalF))
image.png
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