InterPro是一個數(shù)據(jù)庫,其提供蛋白序列的功能分析并歸納為一個個蛋白家族,同時還預(yù)測了presence of domains和important sites。為了將蛋白分類,InterPro使用先驗?zāi)P?,整合了不同的?shù)據(jù)庫形成一個整體 而InterProScan則是一款可以使用InterPro數(shù)據(jù)庫的軟件(more information about InterProScan)
至于Why is InterPro useful? and Who uses InterPro?則可以查看下述網(wǎng)址InterPro。
Interpro 通過整合多個蛋白相關(guān)的數(shù)據(jù)庫,提供了一個方便的對蛋白序列進行功能注釋的平臺,功能注釋的內(nèi)容包括蛋白質(zhì)家族預(yù)測,domain 和 結(jié)合位點預(yù)測
Interpro 在整合多個數(shù)據(jù)庫的同時,去掉了冗余,提供了一個統(tǒng)一的接口,用來對序列進行功能注釋;而且還提供了interproscan 這樣的命令行工具,可以方便的對大規(guī)模的蛋白序列進行注釋,目前, UniprotKB 和 Gene Ontology 就是使用 interproscan 對蛋白序列進行注釋的。
所以總而言之,就是對蛋白序列或者核酸序列通過這幾個數(shù)據(jù)庫的整合信息進行注釋。
Interpro 數(shù)據(jù)庫每兩個月更新一次
Interpro 的成員數(shù)據(jù)庫包括:
CATH-Gene3D
CDD
MobiDB
HAMAP
PANTHER
PIRSF
PRINTS
ProDom
PROSITE
SFLD
SMART
SUPERFAMILY
TIGRFAMS
Pfam