核酸數(shù)據(jù)庫(kù)

[NCBI][https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/]
[EMBL][https://www.ebi.ac.uk/ena]
[DDBJ][https://www.ddbj.nig.ac.jp/index-e.html]
[CNGB][https://db.cngb.org/]

蛋白序列數(shù)據(jù)庫(kù)

[Pfam][http://pfam.xfam.org/] Pfam是蛋白質(zhì)家族的數(shù)據(jù)庫(kù)，包括使用隱馬爾可夫模型生成的注釋和多序列比對(duì)。
[SwissProt][http://us.expasy.org/sprot/] 手動(dòng)注釋的非冗余蛋白序列數(shù)據(jù)庫(kù)
[UniProt][https://www.uniprot.org/]
[InterPro][http://www.ebi.ac.uk/interpro/] 通過(guò)整合多個(gè)蛋白相關(guān)數(shù)據(jù)庫(kù)，提供了一個(gè)方便的對(duì)蛋白序列進(jìn)行功能注釋的平臺(tái)，包括對(duì)蛋白質(zhì)家族、結(jié)構(gòu)域、功能位點(diǎn)的預(yù)測(cè)

蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)

[PDB][http://www.rcsb.org/]
[SCOP][http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/]
[CATH][http://www.cathdb.info/]

蛋白組數(shù)據(jù)庫(kù)

[PRIDE][https://www.ebi.ac.uk/pride/archive/]

蛋白質(zhì)功能域數(shù)據(jù)庫(kù)

[PROSITE[[https://prosite.expasy.org/]
[Pfam][http://pfam.xfam.org/]
[CCD][http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/cdd.shtm]
[SMART][http://smart.embl-heidelberg.de/]
[TIGRFAM][http://www.tigr.org/TIGRFAMs/]

蛋白互作數(shù)據(jù)庫(kù)

[STRING][https://string-db.org/]

基因注釋

[Blast][https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi]
[Interproscan][http://www.ebi.ac.uk/interpro/]
[WEGO][http://wego.genomics.org.cn/]
[KAAS][https://www.genome.jp/tools/kaas/]

基因功能預(yù)測(cè)

[FGENESH][http://linux1.softberry.com/berry.phtml?topic=fgenesh&group=programs&subgroup=gfind]
[AUGUSTUS][http://bioinf.uni-greifswald.de/augustus/submission.php]
[GENESCAN][http://argonaute.mit.edu/GENSCAN.html]
[GeneMark][http://topaz.gatech.edu/GeneMark/]
[Glimmer][http://ccb.jhu.edu/software/glimmer/index.shtml]

啟動(dòng)自子分析

[Plantcare][http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/plantcare/html/]

亞細(xì)胞定位

[PSORT Prediction][http://psort1.hgc.jp/form.html]

基因結(jié)構(gòu)繪制

[GSDS][http://gsds.cbi.pku.edu.cn/] Gene Structure Display Server基于基因組注釋文件繪制序列基因結(jié)構(gòu)等功能

蛋白二級(jí)三級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)及繪圖

[CFSSP][http://www.biogem.org/tool/chou-fasman/]
[SOPMA][https://npsa-prabi.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page=npsa_sopma.html]
[PredictProtein][https://www.predictprotein.org/]
[SWISS-MODEL][https://swissmodel.expasy.org/interactive]

蛋白特性分析

[rotParam][http://web.expasy.org/protparam/] 蛋白特性分析是指蛋白的一些物理和化學(xué)參數(shù)，如分子量、等電點(diǎn)、氨基酸和原子組成、消光系數(shù)、半衰期、不穩(wěn)定系數(shù)、脂肪族氨基酸指數(shù)、親水性。這些參數(shù)，有助于進(jìn)行蛋白的相關(guān)生化實(shí)驗(yàn)。比如在體外體系（大腸桿菌、酵母等）表達(dá)和純化目的蛋白時(shí)，需要考慮蛋白的分子量、等電點(diǎn)、消光系數(shù)、不穩(wěn)定系數(shù)和親水性等。在酶活實(shí)驗(yàn)中，也需要根據(jù)這些參數(shù)優(yōu)化實(shí)驗(yàn)體系。

蛋白親疏水性分析

[Protscale][https://web.expasy.org/protscale/] 蛋白氨基酸的親疏水性主要由其側(cè)鏈基團(tuán)R，如果R只是H或是C、H兩元素組成的話，都是疏水的，如果含有極性側(cè)鏈基團(tuán)，如-OH、-SH、-COOH、-NH2 等，則就是極性的（親水的）。疏水性氨基酸有酪氨酸、色氨酸、苯丙氨酸、纈氨酸、亮氨酸、異亮氨酸、丙氨酸和蛋氨酸（甲硫氨酸）。疏水性氨基酸在蛋白質(zhì)內(nèi)部，在保持蛋白質(zhì)的三級(jí)結(jié)構(gòu)上，酶和基質(zhì)、抗體和抗原間的相互作用等各種非共價(jià)鍵的分子結(jié)合方面，具有重要作用。

跨膜結(jié)構(gòu)分析

[TMHMM][http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM/] 蛋白的跨膜結(jié)構(gòu)分析對(duì)于預(yù)測(cè)蛋白的亞細(xì)胞定位密切相關(guān)。如果具有跨膜結(jié)構(gòu)，蛋白很可能定位于細(xì)胞中與膜相關(guān)的結(jié)構(gòu)，如細(xì)胞質(zhì)膜、葉綠體膜或線粒體膜等內(nèi)膜系統(tǒng)。此外，蛋白跨膜結(jié)構(gòu)分析對(duì)于蛋白功能分析也有一定的幫助。比如某蛋白沒(méi)有跨膜結(jié)構(gòu)，但是亞細(xì)胞定位實(shí)驗(yàn)顯示其可定位于膜相關(guān)結(jié)構(gòu)，這說(shuō)明該蛋白可能通過(guò)其他膜定位蛋白招募過(guò)去的。

信號(hào)肽預(yù)測(cè)

[SignalP][http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/] 峰信號(hào)位置為信號(hào)肽切割點(diǎn)，峰之前的序列為信號(hào)肽，信號(hào)肽是指引導(dǎo)新合成的蛋白質(zhì)向分泌通路轉(zhuǎn)移的短肽鏈，常位于蛋白的N-末端，負(fù)責(zé)把蛋白質(zhì)引導(dǎo)到不同膜結(jié)構(gòu)的亞細(xì)胞器內(nèi)。編碼分泌蛋白的mRNA在翻譯時(shí)首先合成N末端的信號(hào)肽，它被信號(hào)肽識(shí)別蛋白(SRP)所識(shí)別，SRP將核糖體攜帶至內(nèi)質(zhì)網(wǎng)上，內(nèi)質(zhì)網(wǎng)膜上的 SPR 受體識(shí)別并與之結(jié)合。新合成蛋白在信號(hào)肽引導(dǎo)下到達(dá)內(nèi)質(zhì)網(wǎng)內(nèi)腔，而信號(hào)肽則在信號(hào)肽酶的作用下被切除。由于它的引導(dǎo)，新生的多肽就能夠通過(guò)內(nèi)質(zhì)網(wǎng)膜進(jìn)入腔內(nèi)，最終被分泌到胞外。在宿主菌中表達(dá)外源蛋白時(shí)，可用信號(hào)肽引導(dǎo)外源蛋白定位分泌到胞外，提高蛋白可溶性，在原核表達(dá)系統(tǒng)（大腸桿菌、芽孢桿菌等）和真核表達(dá)系統(tǒng)（如畢赤酵母）中均有應(yīng)用

磷酸化位點(diǎn)分析

[NetPhos][http://www.cbs.dtu.dk/services/NetPhos/]
[KinasePhos-2.0][http://kinasephos2.mbc.nctu.edu.tw/] 蛋白質(zhì)磷酸化指由蛋白質(zhì)激酶催化的把 ATP 的磷酸基轉(zhuǎn)移到底物蛋白質(zhì)氨基酸殘基（絲氨酸、蘇氨酸、酪氨酸）上的過(guò)程，或者在信號(hào)作用下結(jié)合 GTP（通常以 GTP 取代 GDP），是生物體內(nèi)一種普通的調(diào)節(jié)方式，在細(xì)胞信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)的過(guò)程中起重要作用。在信號(hào)達(dá)到時(shí)通過(guò)獲得一個(gè)或幾個(gè)磷酸集團(tuán)而被激活，而在信號(hào)減弱時(shí)能去除這些集團(tuán)，從而失去活性。有時(shí)某個(gè)信號(hào)蛋白磷酸化通常造成下游的蛋白依次發(fā)生磷酸化，形成磷酸化級(jí)聯(lián)反應(yīng)。

富集分析

[網(wǎng)頁(yè)GO富集][https://biit.cs.ut.ee/gprofiler/gost]

系統(tǒng)進(jìn)化

[分化時(shí)間查詢][http://timetree.org/]