最近因?yàn)橐恍┬枨笤谘芯縏CGA數(shù)據(jù)庫(kù)。關(guān)于TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)數(shù)據(jù)下載，隨便搜搜就有很多文章，方法多樣，可以通過(guò)R包也可以通過(guò)TCGA提供的官方下載器gdc-client。但是下載數(shù)據(jù)的時(shí)候，我突然發(fā)現(xiàn)，誒，怎么下載正常樣本？本文介紹如何在數(shù)據(jù)庫(kù)中搜索正常樣本。

首先打開TCGA官網(wǎng)，點(diǎn)擊Access to Data。

Access to Data

選擇Repository

Repository

點(diǎn)擊左側(cè)的Cases

Cases

下方有一行“Add Cases/Biospecimen Filter”，點(diǎn)擊該藍(lán)色字。
搜索‘"samples.sample_type’,可以看到它的描述是：Text term to describe the source of a biospecimen used for a laboratory test.

image.png

添加該filter后你就能看到許多分類，包括tumor和normal：

samples.sample_type

最后你可以選擇你需要的正常樣本，導(dǎo)出他們的sampleID進(jìn)行下載。