課后補(bǔ)充---單細(xì)胞空間聯(lián)合分析之MIA

作者,Evil Genius

這一篇我們來補(bǔ)充一下MIA的內(nèi)容,其實(shí)現(xiàn)在文章要求很高了,一般都要求單細(xì)胞空間配對測序,所以用不到MIA,但是很多客戶之前只測了空間組學(xué),注釋的時候,尤其分析niche的時候就需要借助公共數(shù)據(jù)的力量,這個時候MIA就派上了用場。

關(guān)于MIA的原理,來復(fù)習(xí)一下

MIA(多模態(tài)交叉分析)是一種整合單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組和空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的方法,通過計(jì)算單細(xì)胞定義的細(xì)胞類型與空間spot基因表達(dá)譜的相似性(如相關(guān)系數(shù)或概率模型),將細(xì)胞類型映射到空間位置中,從而揭示細(xì)胞類型的空間分布規(guī)律。其核心步驟包括數(shù)據(jù)對齊、特征提取、多模態(tài)交叉分析(相似性計(jì)算與概率映射)以及聯(lián)合可視化。

目前引用MIA的文章,我列舉給大家,大家要看其中的核心。

第一篇



其中關(guān)于MIA的方法介紹

第二篇


大家注意看其中的分析細(xì)節(jié),文中采用的單細(xì)胞數(shù)據(jù)來源于公共數(shù)據(jù)。

第三篇



當(dāng)然了,MIA也寫了很多的文章,大家可以參考

課前準(zhǔn)備---單細(xì)胞空間聯(lián)合分析之MIA(R封裝版)
空轉(zhuǎn)第7課MIA的內(nèi)容補(bǔ)充
MIA腳本封裝版
單細(xì)胞空間MIA分析思路及代碼分享

還有之前的教學(xué)視頻

2024第10課:單細(xì)胞空間聯(lián)合分析之MIA
空轉(zhuǎn)第七課單細(xì)胞空間聯(lián)合分析MIA

當(dāng)然了,之前都是R版本實(shí)現(xiàn)MIA分析,今天我們用python來實(shí)現(xiàn),實(shí)現(xiàn)如下的目標(biāo)

全系列python腳本,輸入基礎(chǔ)分析好的單細(xì)胞+ 空間的h5ad文件,以及指定top基因數(shù)。

還有 38% 的精彩內(nèi)容
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