multiExpr
我們的表達(dá)數(shù)據(jù)， 多組格式的表達(dá)式數(shù)據(jù)（見(jiàn)checkSets）。一個(gè)列表的向量，每組一個(gè)。每個(gè)集合必須包含一個(gè)包含表達(dá)數(shù)據(jù)的數(shù)據(jù)，行對(duì)應(yīng)于樣本，列對(duì)應(yīng)于基因或探針。
checkMissingData
該檢查數(shù)據(jù)中是否有過(guò)多的基因和樣本的缺失項(xiàng)，以及是否有零方差的基因？
blocks
即需要給出自定義的每個(gè)基因?qū)?yīng)的module信息。
可選的指定塊，在這些塊中應(yīng)進(jìn)行分層聚類和模塊檢測(cè)。如果給定，必須是一個(gè)數(shù)字向量，multiExpr的每個(gè)基因有一個(gè)條目，給出相應(yīng)基因所屬的區(qū)塊的編號(hào)。
maxBlockSize
給出模塊檢測(cè)的最大塊大小。如果上面的塊不是NULL，則忽略。否則，如果datExpr中的基因數(shù)超過(guò)了maxBlockSize，基因?qū)⒈活A(yù)聚到大小不應(yīng)超過(guò)maxBlockSize的塊中。
blockSizePenaltyPower
超過(guò)了最大范圍的區(qū)塊應(yīng)該被罰分多少。
number specifying how strongly blocks should be penalized for exceeding the maximum size. Set to a lrge number or Inf if not exceeding maximum block size is very important.
nPreclusteringCenters
在預(yù)聚類中使用的中心的數(shù)量。默認(rèn)為nGenes/20和100*nGenes/maxBlockSize中的較小者，其中nGenes是multiExpr中基因（變量）的數(shù)量。
randomSeed
在函數(shù)啟動(dòng)前作為隨機(jī)數(shù)發(fā)生器的種子的整數(shù)。如果當(dāng)前的種子存在，它將被保存并在退出時(shí)恢復(fù)。如果給出NULL，函數(shù)將不保存和恢復(fù)種子。
IndividualTOMInfo
單個(gè)數(shù)據(jù)集的TOM矩陣的可選數(shù)據(jù)。這個(gè)對(duì)象由函數(shù)blockwiseIndividualTOMs返回。如果沒(méi)有給出，將使用下面的網(wǎng)絡(luò)構(gòu)造選項(xiàng)計(jì)算適當(dāng)?shù)耐負(fù)渲丿B。
useIndivTOMSubset
如果給出了individualTOMInfo，這個(gè)參數(shù)允許只選擇individualTOMInfo中包含的個(gè)體集網(wǎng)絡(luò)的子集。它應(yīng)該是一個(gè)數(shù)字向量，給出要使用的各個(gè)集合的索引。注意，這個(gè)參數(shù)不適用于multiExpr。
corType
指定要使用的相關(guān)的字符字符串。允許的值是（唯一的縮寫(xiě)）"pearson "和 "bicor"，分別對(duì)應(yīng)于Pearson和bidweight midcorrelation。缺失值用pariwise.complete.obs選項(xiàng)來(lái)處理。
maxPOutliers
僅用于corType=="bicor"。分別指定中位數(shù)兩側(cè)可被視為離群值的數(shù)據(jù)的最大百分?jǐn)?shù)。對(duì)于中位數(shù)的每一邊，如果高于maxPOutliers的百分位數(shù)被基于9*mad(x)的權(quán)重函數(shù)認(rèn)為是異常值，那么權(quán)重函數(shù)的寬度就會(huì)增加，使中位數(shù)的那一邊的異常值等于maxPOutliers。使用maxPOutliers=1將有效地禁用所有的權(quán)重函數(shù)加寬；使用maxPOutliers=0將得到相當(dāng)類似（但不等于）Pearson相關(guān)的結(jié)果。
quickCor
介于0和1之間的實(shí)數(shù)，控制在計(jì)算相關(guān)性時(shí)對(duì)缺失數(shù)據(jù)的處理。
pearsonFallback
指定如果使用bicor計(jì)算，當(dāng)中位數(shù)絕對(duì)偏差（mad）為零時(shí)，是否應(yīng)該恢復(fù)到Pearson。重新定義的值是（縮寫(xiě)）"none", "individual", "all" ，如果設(shè)置為"none"，mad為零將導(dǎo)致相應(yīng)的相關(guān)關(guān)系為NA。如果設(shè)置為"individual"，Pearson calculation將只用于有zero mad的列。如果設(shè)置為"all"，單個(gè)zero mad的存在將導(dǎo)致整個(gè)變量以Pearson相關(guān)的方式被處理（就像相應(yīng)的robust選項(xiàng)被設(shè)置為FALSE）。對(duì)Pearson相關(guān)沒(méi)有影響。參見(jiàn)bicor。
cosineCorrelation
邏輯：是否應(yīng)該使用相關(guān)計(jì)算的余弦版本？余弦計(jì)算與標(biāo)準(zhǔn)計(jì)算的不同之處在于，它不減去平均值。
power
用于網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建的軟閾值功率?？梢允且粋€(gè)單一的數(shù)字，也可以是一個(gè)與集數(shù)相同長(zhǎng)度的向量，每個(gè)集數(shù)都有一個(gè)power。
networkType
網(wǎng)絡(luò)類型。允許的值是（唯一的縮寫(xiě)）"unsigned", "signed", "signed hybrid"。See adjacency。
checkPower
logical: should basic sanity check be performed on the supplied power? If you would like to experiment with unusual powers, set the argument to FALSE and proceed with caution.
replaceMissingAdjacencies
邏輯：在計(jì)算相鄰關(guān)系時(shí)，是否應(yīng)該用0來(lái)替換缺失的值？
TOMType
"none", "unsigned", "signed", "signed Nowick", "unsigned 2", "signed 2" 和"signed Nowick 2"其中的一個(gè)。If "none", adjacency將會(huì)被用來(lái)聚類. See TOMsimilarityFromExpr for details.
