作者：ahworld
鏈接：Hi-C數(shù)據(jù)質(zhì)控原理
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Hi-C文庫的插入片段是經(jīng)過酶切連接的片段，其測(cè)序數(shù)據(jù)的比對(duì)和有效數(shù)據(jù)的篩選比較特殊。這個(gè)視頻重點(diǎn)介紹了以下3個(gè)方面：
- Hi-C實(shí)驗(yàn)建庫原理
- Hi-C數(shù)據(jù)的比對(duì)策略
- Hi-C文庫的分子類型
Hi-C實(shí)驗(yàn)建庫原理
Hi-C實(shí)驗(yàn)建庫原理的部分重點(diǎn)介紹了什么樣的實(shí)驗(yàn)建庫原理導(dǎo)致了"PE測(cè)序的Reads1 Reads2分別來自不同的基因組酶切片段才符合Valid Pair Reads特征"
Hi-C數(shù)據(jù)常用的數(shù)據(jù)質(zhì)控軟件HiC-Pro的主要分為：Alignment和Map2Fragment兩個(gè)主要步驟。
Hi-C數(shù)據(jù)的比對(duì)策略
在這一部分重點(diǎn)介紹了以下4點(diǎn)內(nèi)容：
- Reads1 Reads2分別比對(duì)到基因組
- 挑選R1、R2分別比對(duì)到基因組唯一位置的PE Reads進(jìn)行后續(xù)分
- Hi-C文庫是junction類型，對(duì)于跨LS site的Reads有提高比對(duì)率的比對(duì)策略設(shè)計(jì)
- 建議在平衡unique map 和multiple map的情況下用比較短的Reads進(jìn)行比對(duì)（避免Reads跨過ligation site）
Hi-C文庫的分子類型
這一節(jié)主要講了，對(duì)來源于相同酶切片段的PE Reads進(jìn)行細(xì)分統(tǒng)計(jì)，有利于我們改進(jìn)Hi-C實(shí)驗(yàn)條件，實(shí)現(xiàn)Valid reads比例的提升。Dangling 太高可能是由于連接步驟不好，導(dǎo)致后面步驟末端生物素沒有去除干凈等原因
對(duì)map到不同酶切片段的Pre Valid Pair Reads再進(jìn)行嚴(yán)格質(zhì)控是Dumped reads pair的主要來源。具體的嚴(yán)格質(zhì)控點(diǎn)包括：
- R1/R2 所在的Fragment1/Fragment2 大小不符合設(shè)定范圍
- Prediction insert size不在設(shè)定的參數(shù)范圍
“R1和R2比對(duì)到同一條染色體的情況，R1與R2比對(duì)位置之間的線形距離過小”的情況該不該被去除？，如果想去除選擇設(shè)置哪個(gè)參數(shù)？
Re-Ligation是什么？怎樣產(chǎn)生的？
Hi-C文庫的PCR Dup應(yīng)該怎么處理？為什么需要處理。
如果對(duì)這些問題感興趣，歡迎觀看視頻。
