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背景：在乳腺癌中，尚不完全了解腫瘤發(fā)生的分子機制。迫切需要鑒定與乳腺癌發(fā)展和預(yù)后相關(guān)的基因，并闡明其潛在的分子機制。在本研究中，我們旨在通過公共數(shù)據(jù)集的生物信息學(xué)分析來鑒定乳腺癌中潛在的病原性和預(yù)后差異表達基因（DEG）。

方法：使用來自基因表達綜合（GEO）和癌癥基因組圖譜（TCGA）的四個數(shù)據(jù)集（GSE21422，GSE29431，GSE42568和GSE61304）進行生物信息學(xué)分析。使用LIMMA Package of R鑒定DEG。通過FunRich進行GO（基因本體論）和KEGG（京都基因與基因組百科全書）分析。 DEG的蛋白質(zhì)相互作用（PPI）網(wǎng)絡(luò)是通過STRING（相互作用基因檢索數(shù)據(jù)庫的搜索工具）網(wǎng)站建立的，由Cytoscape可視化，并通過分子復(fù)合物檢測（MCODE）進行進一步分析。使用UALCAN和Kaplan–Meier（KM）繪圖儀分析中樞基因的表達水平和預(yù)后價值。還從乳腺癌患者的臨床樣品中驗證了轂基因的表達水平。此外，使用比較毒物基因組數(shù)據(jù)庫（CTD）構(gòu)建了基因-藥物相互作用網(wǎng)絡(luò)。

結(jié)果：總共鑒定出203個上調(diào)的DEG和118個下調(diào)的DEG。有絲分裂細胞周期和上皮-間充質(zhì)轉(zhuǎn)化途徑分別是上調(diào)和下調(diào)基因的主要富集途徑。 PPI網(wǎng)絡(luò)由314個節(jié)點和1,810個交互構(gòu)成，并選擇了兩個重要的模塊。模塊1中最重要的富集途徑是有絲分裂細胞周期。此外，由于高度的連通性，選擇了六個轂基因并在臨床樣品中進行了驗證，以進行進一步分析，包括CDK1，CCNA2，TOP2A，CCNB1，KIF11和MELK，它們都與更差的總體生存率（OS）相關(guān)。乳腺癌。

結(jié)論：這些結(jié)果表明，有絲分裂細胞周期和上皮-間充質(zhì)轉(zhuǎn)化途徑可能是解釋乳腺進展的潛在途徑。

方法

乳腺癌腺癌數(shù)據(jù)集-GEOadnTCGA

鑒定DEG

功能富集分析

PPI網(wǎng)絡(luò)建設(shè)與模塊分析

關(guān)鍵基因生存分析

關(guān)鍵基因表達分析

患者和組織樣本

RT-PCR

結(jié)果

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鑒定乳房惡性組織與非惡性組織之間的差異表達基因（DEG）。 面板A–D分別顯示了數(shù)據(jù)集GSE21422（A），GSE29431（B），GSE42568（C）和GSE61304（D）差異表達基因的火山圖。 面板E–F顯示了四個數(shù)據(jù)集中重疊的DEG的維恩圖，包括230個上調(diào)（E）和130個下調(diào)（F）。 面板G–H顯示了四個基因表達綜合（GEO）和癌癥基因組圖譜（TCGA）數(shù)據(jù)集中的321個DEG的維恩圖，包括203個上調(diào)（E）和118個下調(diào)（F）。 ）數(shù)據(jù)集。

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用于上調(diào)DEG的GO富集分析。 面板A–B展示了GO類別中最豐富的十大元素：分子功能（A）和生物過程（B）。

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乳腺癌患者中六個中樞基因的Kaplan–Meier生存曲線。

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