DESeq2安裝避坑

DESeq2在R-studio上的安裝非常讓人自閉,具體可參考徐洲更老師的R語(yǔ)言安裝介紹https://www.bilibili.com/video/BV19p4y1i7Zb?from=search&seid=2717757288900359126

#安裝DESeq2包;
BiocManager::install("DESeq2")
#載入DESeq2包;
library(DESeq2)

輸入矩陣數(shù)據(jù)(mycounts),行名為sample,列名為gene;對(duì)照組在前,實(shí)驗(yàn)組在后DESeq2不支持無(wú)生物學(xué)重復(fù)的數(shù)據(jù),數(shù)據(jù)應(yīng)是htseq-count的結(jié)果,如果是RSEM定量結(jié)果,要對(duì)count data取整,因?yàn)镈ESeq2包不支持count數(shù)有小數(shù)點(diǎn),需要round取整。

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