一下是我個(gè)人的Python筆記，由于是初學(xué)者，因此內(nèi)容很詳細(xì)。
在學(xué)習(xí)Python之前，最主要的是要弄明白我們Python有那些數(shù)據(jù)對(duì)象，以及他們的特點(diǎn)，操作方式等。是進(jìn)一步學(xué)習(xí)的基礎(chǔ)。
Python具有自己獨(dú)特的基礎(chǔ)數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)：“sequence”。sequence包括一些其他的數(shù)據(jù)類(lèi)型，其中string是有序的字符串序列；其他的sequence還有l(wèi)ist和tuple。這些數(shù)據(jù)類(lèi)型有相同的特點(diǎn)。sequence數(shù)據(jù)中的元素有順序，可以建立索引index，sliced，interated。除了sequence還有其他的無(wú)序的數(shù)據(jù)類(lèi)型，dictionaries和sets，dictionaries存儲(chǔ)的是key和value之間的關(guān)系；set只是存儲(chǔ)無(wú)序的value的集合。

sequence相關(guān)的數(shù)據(jù)類(lèi)型

strings字符串

字符串相關(guān)的函數(shù)：
替換 replace()

>>> DNAseq="TTGCTAG"
>>> mRNAseq=DNAseq.replace("T","U")
>>> mRNAseq
’UUGCUAG’

計(jì)數(shù) count()

#計(jì)算CG含量
>>> c=DNAseq.count("C")
>>> g=DNAseq.count("G")
>>> float(c+g)/len(DNAseq)*100
42.857142857142854

find(),找不到輸出-1；index()找不到報(bào)錯(cuò)
split(",")將字符串分割為list；join()用法相反

>>>  "i am a girl !".split()
['i', 'am', 'a', 'girl', '!']
>>> ";".join(["A","C","A","T"])
'A;C;A;T'

lists 是python中的主力數(shù)據(jù)類(lèi)型

list是通用的對(duì)象類(lèi)型。是一系列向量的有序集合。['A','T','C',''G],這里有四個(gè)向量，list里可以包含不同的數(shù)據(jù)類(lèi)型。一個(gè)list中可以包含其他list這里和R很類(lèi)似。

#構(gòu)建空l(shuí)ist，我們可以向其中添加其他向量
>>> empty_list=[]

list的初始化，如果提前知道要構(gòu)建的list包含多少個(gè)元素，可以這樣構(gòu)建

>>> codons=[None]*5
>>> codons
[None,None,None,None,None]

list的理解式 ,可以從另一種方式去定義一個(gè)list，一個(gè)list可以從另一個(gè)list中定義出來(lái)。
和集合的公式定義一樣，除了枚舉法定義list也可以利用理解式定義list

>>> A=[0,1,2,3,4,5]
>>> [3*x for x in A]
[0, 3, 6, 9, 12, 15]

函數(shù)也可以用來(lái)理解list，也可以加入條件句

>>> animals = [' king kong', ' godzilla ', 'gamera ']
#strip()可以刪除空格
>>> [y.strip() for y in animals]
['king kong', 'godzilla', 'gamera']
>>> [y.strip() for y in animals if 'i' in y]
['king kong', 'godzilla']

選取list中的值和R語(yǔ)言的用法很像，只不過(guò)注意是從0開(kāi)始計(jì)數(shù)。

>>> first_list=[1,2,3,4,5]
>>> first_list[0]
1 

=不能實(shí)現(xiàn)拷貝函數(shù)，一旦源list發(fā)生變化，拷貝后的數(shù)據(jù)也會(huì)發(fā)生變化，可以用copy model，或者用b=a[:]，可以用來(lái)拷貝a到b。
list比較靈活，三種方式加元素：可以加（append加在末尾）插入（insert）擴(kuò)展（extend：添加一個(gè)list到list末尾）里面的元素，有點(diǎn)類(lèi)似與加號(hào)的效果（+）。
三種方式減元素：pop(元素標(biāo)號(hào)),remove(元素)，del

Tuples

tuples是一種不會(huì)改變的list，Python的對(duì)象通常分為變和不變兩種。
point=(1,2,3)
tuples的處理速度要更快。

Sequence的一般性質(zhì)

indexing，獲得list或者strings中的元素，也可以嵌套選擇元素

>>> seqdata=["abcdf",3,"sdreg"]
>>> seqdata[0][1]
'b'

Slicing

可以選擇sequence中的一部分元素。這里選擇的元素標(biāo)簽和以往的形式不一樣。這里的標(biāo)簽指代隔離元素的柵欄。

image.png

>>> mysequence="python"
>>> mysequence[0:2]
'py'
>>> mysequence[4:]
'on'
#還有第三個(gè)指標(biāo)，這個(gè)指標(biāo)表明跳躍選擇
>>> mysequence="abcdefghijk"
>>> mysequence[1:10:3]
'beh'
##倒序
>>> mysequence="abcdefghijk"
>>> mysequence[1:10:3]
'beh'

成員判斷用in

>>> point=(11,12,14)
>>> 11 in point
True

sequence，list， turple都可以用+進(jìn)行連接，但是必須是同一類(lèi)型的數(shù)據(jù)

len(長(zhǎng)度),max(最大),min(最小)

將sequence轉(zhuǎn)換為list

>>> list("abcd")
['a', 'b', 'c', 'd']

這里提供了一種方法可以間接的修改string，因?yàn)閟tring是無(wú)法直接修改的。然后再轉(zhuǎn)為sequence，用join(),但是其實(shí)不是很高效。

Dictionaries

mapping映射，通過(guò)名字召喚值key：value

>>> IUPAC={'A':'ALA','C':'CYS','G':'GLU'}
#IUPAC是字典的名字
>>> IUPAC['A']
'ALA'
>>> print("c present for the amino acid "+IUPAC['C'])
c present for the amino acid CYS

key只有不變對(duì)象，string，tuple和數(shù)字能夠當(dāng)。
dict()能夠用來(lái)創(chuàng)建字典

>>> rgb=[('red','ff0000'),('green','00ff00'),('blue','000ff')]
>>> colors=dict(rgb)
>>> colors['green']
'00ff00'
>>> rgb=dict(red='ff0000',green='00ff00',blue='000ff')
>>> rgb
{'red': 'ff0000', 'green': '00ff00', 'blue': '000ff'}
#有時(shí)需要?jiǎng)?chuàng)建空的字典，然后加入key和value
>>> rgb={}
>>> rgb['red']='ff000'
#加入新的key
>>> rgb['s']='Ser'

字典的操作函數(shù)：IUPAC.keys()，IUPAC.values()
這里函數(shù)Python3.x的返回值是一種新的對(duì)象叫dict view

>>> 'Z' in IUPAC
False
>>> IUPAC.items()
dict_items([('A', 'ALA'), ('C', 'CYS'), ('G', 'GLU')])
#返回的是一個(gè)list包含一個(gè)個(gè)有key和value組成的tuple元組
>>> list(IUPAC.values())
['CYS', 'GLU']
#可以轉(zhuǎn)變?yōu)閘ist

通過(guò)key對(duì)于字典值value的安全訪問(wèn)函數(shù)：get()

>>> IUPAC.get('A')
'ALA'
>>> IUPAC.get('Z')
>>> IUPAC.get('A','No translation')
'ALA'
>>> IUPAC.get('Z','No translation')
'No translation'
#刪除值用del
>>> del IUPAC['A']
>>> IUPAC
{'C': 'CYS', 'G': 'GLU'}

字典相關(guān)的函數(shù)方法：

image.png

這里有一點(diǎn)值得注意的是，dict view類(lèi)型的數(shù)據(jù)在Python3.x中和原字典保持一致，但是在2.x版本中則不是。

>>> d={1:'a',2:'b',3:'c'}
>>> k=d.keys()
>>> k
dict_keys([1, 2, 3])
>>> d[6]='p'
>>> k
dict_keys([1, 2, 3, 6])

Sets

是無(wú)序的對(duì)象的集合

這個(gè)set也不是在其他的語(yǔ)言中常見(jiàn)的形式。即使在python中也不是很常用。set是數(shù)學(xué)中常見(jiàn)的結(jié)果。和list很像，但是有兩個(gè)突出的差異：元素是無(wú)序的，而且不重復(fù)
這里的集合常用于各種數(shù)學(xué)上的集合操作。

創(chuàng)建集合set()，集合中加元素，.add()

>>> first_set=set(['CP0140.1','EF3613.1','EF3616.1'])
>>> first_set=set()
>>> first_set.add('CP0140.1')
>>> first_set.add('EF3613.1')
>>> first_set.add('EF3616.1')
>>> first_set
{'EF3613.1', 'CP0140.1', 'EF3616.1'}

在python3.x中有創(chuàng)建集合的新語(yǔ)法，和數(shù)學(xué)上集合的創(chuàng)建一樣

>>> first_set = {'CP0140.1','EF3613.1','EF3616.1'}
>>> first_set
{'EF3613.1', 'CP0140.1', 'EF3616.1'}

也可以通過(guò)理解創(chuàng)建集合（數(shù)學(xué)上的公式法）。因?yàn)榧蠠o(wú)法添加重復(fù)性元素，隱私當(dāng)你添加一個(gè)重復(fù)性元素是也沒(méi)有影響。因此常用來(lái)對(duì)list數(shù)據(jù)進(jìn)行去冗余。

>>> {2*x for x in [1,1,2,2,3,3]}
{2, 4, 6}
>>> set([2,2,3,4,5,3])
{2, 3, 4, 5}

集合操作

• 交集intersection和&

>>> other_set=set(['CP0140.2','EF3613.1','EF3616.2'])
>>> common=first_set.intersection(other_set)
>>> common
{'EF3613.1'}
>>> common=first_set & other_set
>>> common
{'EF3613.1'}

• 并集union 和 |
• 差difference和-

• 對(duì)稱(chēng)差異symmetric difference和^

  
  
  image.png

和其他數(shù)據(jù)類(lèi)型共享的操作

max，min，len，in
list()轉(zhuǎn)換為list型數(shù)據(jù)

固定的集合：Frozenset()

這種固定的數(shù)據(jù)類(lèi)型無(wú)法用remove()和add()等函數(shù)去操作。而且可以作為字典的key

給一個(gè)變量賦予一個(gè)值，以及給一個(gè)對(duì)象綁定一個(gè)名字

這里有一種賦值的特殊情況需要注意：

>>> a=3
>>> b=[1,2,a]
>>> b
[1, 2, 3]
>>> a=5
>>> b
[1, 2, 3]

原因可有下圖理解，這里a在第二次賦值時(shí)就已經(jīng)破壞了原來(lái)的賦值，這里的a已經(jīng)不是原來(lái)的a了，因此后面不會(huì)變。

image.png

但是另一種情況是這樣：

>>> c=[1,2,3]
>>> d=[5,6,c]
>>> d
[5, 6, [1, 2, 3]]
>>> c.pop()
3
>>> c
[1, 2]
>>> d
[5, 6, [1, 2]]

可以借助下圖理解，這里c仍然叫c，并沒(méi)有被破壞，只是被改變了，因此后面d中的c會(huì)隨著c的變化而變化。

image.png