amber16的cpu單線程版sander，cpu多線程版mpirun sander 安裝到GPU版pmemd.cuda,GPU的并行版沒有安裝。
安裝前準備：安裝各種依賴
1.直接執(zhí)行安裝依賴：
sudo apt-get install csh flex gfortran g++ patch python-tk python-matplotlib bison gcc make build-essential xorg-dev xutils-dev libbz2-dev zlib1g-dev libboost-dev libboost-thread-dev libboost-system-dev libxdmcp-dev libxt-dev libxext-dev libreadline-dev parallel? ??
2.安裝perl-ExtUtils-MakeMaker：
wget http://files.directadmin.com/services/9.0/ExtUtils-MakeMaker-6.31.tar.gz
tar xvzf ExtUtils-MakeMaker-6.31.tar.gz
cd ExtUtils-MakeMaker-6.31
perl Makefile.PL
make
make install
3.安裝intel編輯器：網(wǎng)上有很多教程
我裝的是2019版本的，但是在裝gpu版本時，用intel編輯器編譯時提示版本只能是ICC 15.0, ICC 16.0, and ICC 17.0，我懶得再裝，只用gnu編譯器編輯也安裝成功了。
cd 放有安裝包的文件夾
tar -zxvf parallel_studio_xe_2019_update5_cluster_edition.tgz
cd parallel_studio_xe_2019_update5_cluster_edition/
sudo ./install.sh
一路回車下去，有yes就輸入yes，有accept就輸入accept,直到安裝完成
配置icc環(huán)境：
sudo vi /etc/profile 或 sudo vi?~/.bashrc? (建議兩個都加，會使用linux系統(tǒng)的就按需求選擇加哪個 嘻嘻）
在文件末尾添加：
#icc
source /opt/intel/bin/iccvars.sh ia32
source /opt/intel/bin/iccvars.sh intel64
source /opt/intel/compilers_and_libraries/linux/bin/compilervars.sh ia32
source /opt/intel/compilers_and_libraries/linux/bin/compilervars.sh intel64
添加完：
source /etc/profile 或 source?~/.bashrc
檢測是否安裝成功：出現(xiàn)版本信息
icc -v
4.安裝cuda，amber16支持7.5、8.0和9.0版本，網(wǎng)上裝cuda的教程很多
cd 放有安裝包的文件夾
sudo sh cuda_9.0.176_384.81_linux.run
配環(huán)境 ：
export CUDA_HOME=/usr/local/cuda
export PATH=$PATH:$CUDA_HOME/bin
export LD_LIBRARY_PATH="/usr/local/cuda/lib:${LD_LIBRARY_PATH}"
開始安裝
安裝單cpu版的AMBER：
1.解包，兩個壓縮包會解壓到一個名為amber16的文件夾里
cd 放有安裝包的文件夾
tar xvfj AmberTools17.tar.bz2
tar xvfj Amber16.tar.bz2
2.設置環(huán)境變量，對于所有用戶修改 /etc/profile，對于單個用戶修改~/.bashrc
sudo vi /etc/profile 或 sudo vi?~/.bashrc?
在末尾添加：
export AMBERHOME=/你的路徑/amber16
添加完成后使配置生效：
source /etc/profile 或 source?~/.bashrc
3.編譯安裝
cd $AMBERHOME
./configure gnu
./configure intel
source $AMBERHOME/amber.sh
4.安裝
make install
------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
安裝cpu并行版
1.下載openmpi安裝包，版本要求：openmpi-[1-2].[0-9]
2.下載完成之后進行解壓
一定要解壓到 $AMBERHOME/AmberTools/src 這個目錄
3.運行./configure_openmpi gnu
4.設置環(huán)境變量
運行source $AMBERHOME/amber.sh 或手動添加：
sudo vi /etc/profile
在末尾添加：
export MPI_HOME=$AMBERHOME/AmberTools
export PATH=$PATH:$MPI_HOME/bin
export LD_LIBRARY_PATH=$MPI_HOME/lib:$LD_LIBRARY_PATH
export DO_PARALLEL="mpirun -np 16"? ? （16是我自己選擇的線程數(shù)，根據(jù)自己的電腦選擇）
添加完成后使配置生效：
source /etc/profile
5.配置安裝并行版
cd $AMBERHOME
./configure -mpi? gnu
make install
------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
安裝gpu單線程版：
前根據(jù)自己的GPU安裝相應的nvidia驅(qū)動和cuda。（amber16只支持cuda9.0以下，查清cuda支持的nvidia驅(qū)動）
單GPU:
cd $AMBERHOME
make clean
./configure -cuda gnu? （這一步完成后，安裝界面會提示要干哪些步驟（添加環(huán)境變量等），一定要全部完成）
source amber.sh
make install
安裝完$AMBERHOME/bin文件夾里出現(xiàn)pemed.cuda則表示安裝成功
-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
多GPU：我沒實驗過
cd $AMBERHOME
make clean
./configure -cuda -mpi gnu? ? (or intel)
make install
------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
//如果安裝出現(xiàn)問題，看用戶手冊
