這個(gè)工具是很經(jīng)典老牌的工具，是非?？煽恳驳玫搅藢W(xué)術(shù)界認(rèn)可的一款軟件。工具官網(wǎng)：https://www.hsph.harvard.edu/alkes-price/software/， 也可以通過conda下載比較簡(jiǎn)便。這個(gè)工具的缺點(diǎn)就是它只支持linux系統(tǒng)，而且對(duì)輸入文件的格式有一定的要求。最新的版本采用的算法可以更好獲得群體結(jié)構(gòu)信息，具體可參考這篇文章：Fast Principal-Component Analysis Reveals Convergent Evolution of ADH1B in Europe and East Asia. The American Journal of Human Genetics 98, 456–472, March 3, 2016
實(shí) 戰(zhàn)
1?首先使用plink將vcf文件轉(zhuǎn)格式轉(zhuǎn)化成.ped和.map結(jié)尾的文件，利用自己的命令獲得標(biāo)準(zhǔn)ped和map格式文件也可以。本案例采用數(shù)據(jù)是用plink 對(duì)3245份水稻LD pruning過后得到的76萬個(gè)SNP；
2 進(jìn)一步使用EIGENSOFT中內(nèi)置的convertf 文件轉(zhuǎn)化為smartpca的輸入文件：
convertf -p transfer.conf
該步驟需要一個(gè)?transfer.conf，將文件的輸入輸出寫進(jìn)去，然后執(zhí)行command。
##?transfer.conf
genotypename:? ? 3245_pruned_SNP.ped
snpname:? ? ? ? 3245_pruned_SNP.map # or example.map, either works
indivname:? ? ? 3245_pruned_SNP.ped # or example.ped, either works
outputformat:? ? EIGENSTRAT
genotypeoutname: 3245.eigenstratgeno
snpoutname:? ? ? 3245.snp
indivoutname:? ? 3245.ind
familynames:? ? NO
該步驟會(huì)生產(chǎn)生三個(gè)pca所需的輸入文件?3245.eigenstrat, 3245.snp 和3245.ind
3 運(yùn)行smartpca 代碼如下：
smartpca -p runningpca.conf
其參數(shù)文件runningpca.conf內(nèi)容 如下，根據(jù)你的數(shù)據(jù)參照manual來修改對(duì)應(yīng)的參數(shù)：
genotypename: 3245.geno
snpname: 3245.snp
indivname: 3245.ind
evecoutname: 3245.pca.evec
evaloutname: 3245.eval
altnormstyle: NO
numoutevec: 20
numoutlieriter: 5
outliersigmathresh: 6.0、
截取了運(yùn)行中的屏幕輸出：
可以看到，smartpca有對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行統(tǒng)計(jì)與過濾處理，這里有一些低質(zhì)量的1360個(gè)snp和148份材料被去除，最終生成的文件只有3097份材料的結(jié)果！
運(yùn)行完會(huì)生成兩個(gè)個(gè)文件：
3245.pca.evec(特征向量結(jié)果)；3245.eval（特征值結(jié)果）。
