你的metadata和你的菌群之間是否有關(guān)系呢？這一定會(huì)很多人關(guān)心的問題。本節(jié)我們就來討論如何探究菌群組成和metadata中指標(biāo)之間的相關(guān)性。
metadata和菌群之間是否有關(guān)系呢？為了回答這個(gè)問題，我們可以使用Qiime1中提供的observation_metadata_correlation.py命令，查看你metadata文件中的指標(biāo)與OTU之間是否存在相關(guān)性，是正相關(guān)還是負(fù)相關(guān)。
具體的命令如下，其中-s可以選擇包括spearman在內(nèi)的pearson, kendall, cscore方法。
observation_metadata_correlation.py \
-i otu_table.biom \
-o correlation_results.txt \
-m mapping_file.txt \
-c DaysSinceExperimentStart \
-s spearman
MaAslin
當(dāng)然除了自帶的方法我們還可以使用其他方法，比如MaAslin。MaAslin是一個(gè)非常實(shí)用的進(jìn)行多元統(tǒng)計(jì)分析的工具。比如當(dāng)你發(fā)現(xiàn)抽煙、喝酒對(duì)你的菌群結(jié)果會(huì)產(chǎn)生影響，而你只關(guān)注疾病對(duì)菌群的影響，你就要把抽煙喝酒對(duì)菌群的影響剔除，那怎么辦呢？MaAslin就可以幫助你，具體的可以見：http://huttenhower.sph.harvard.edu/maaslin
安裝 Install
下載QIIME-to-Maaslin至你的Home文件夾
# Download qiimetomaaslin to your HOME folder
wget -P ~/ https://bitbucket.org/biobakery/qiimetomaaslin/downloads/qiimetomaaslin.zip
# Decompress the package
unzip ~/qiimetomaaslin.zip
下載Maaslin至你的Home文件夾
# Download MaAslin to your HOME folder
wget -P ~/ https://bitbucket.org/biobakery/maaslin/downloads/Maaslin_0.0.4.tar.gz
# Decompress the package
tar -xvf ~/Maaslin_0.0.4.tar.gz
安裝其他依賴的包
# install required python packages
pip install blist
pip install biopython
# Install the package and dependencies
R CMD INSTALL ~/Maaslin_0.0.4.tar.gz
使用 Usage
將BIOM文件轉(zhuǎn)化成Text文件
# Convert OTU table to txt
biom convert \
-i otu_table.biom \
-o otu_table.tsv \
--to-tsv \
--header-key taxonomy
創(chuàng)建修改Mapping文件
如果你是在Excel中編輯的Mapping文件，那么你必須以Windows-Formatted.txt文件形式存儲(chǔ)一個(gè)表格，否則可能會(huì)報(bào)錯(cuò)。
合并metadata和OTU豐度表
python ~/qiimetomaaslin/src/qiimeToMaaslin.py \
otu_mapping_filtered.txt < otu_table.tsv > maaslin_input.pcl
運(yùn)行MaAslin
下面是一個(gè)最基礎(chǔ)關(guān)于分析相關(guān)性代碼，關(guān)于如何剔除其他因素的影響，將會(huì)在之后具體講解。
Rscript ~/Maaslin_0.0.3/R/Maaslin.R \
--lastMetadata 13 \
--fdr 0.05 \
maaslin_input.pcl \
maaslin_output
