The discordant sequence content at the begining of the reads are common phenomenon for CUT&Tag reads. Failing to pass the Per base seuqnence content does not mean your data failed.It can be due to the Tn5 preference.What you might be detecting is the 10-bp periodicity that shows up as a sawtooth pattern in the length distribution. If so, this is normal and will not affect alignment or peak calling. In any case we do not recommend trimming as the bowtie2 parameters that we list will give accurate mapping information without trimming. 這可能是由于10個(gè)堿基的周期性導(dǎo)致的。作者指出，如果是這種情況，這種現(xiàn)象是正常的，不會(huì)影響比對或峰值調(diào)用。因此，他們建議不進(jìn)行修剪操作，并表示列出的bowtie2參數(shù)將在不進(jìn)行修剪的情況下提供準(zhǔn)確的比對信息。這段話的理解可以歸納為以下幾點(diǎn)：鋸齒狀圖案：在長度分布中觀察到的鋸齒狀圖案可能是由某種10個(gè)堿基的周期性引起的。這種現(xiàn)象可能是由于某種基因組結(jié)構(gòu)或特定的測序技術(shù)導(dǎo)致的。正常現(xiàn)象：作者認(rèn)為這種10-bp的周期性是正常的，不會(huì)對比對和峰值調(diào)用產(chǎn)生負(fù)面影響。這意味著即使存在鋸齒狀圖案，仍然可以繼續(xù)使用該數(shù)據(jù)進(jìn)行后續(xù)分析，并獲得準(zhǔn)確的比對和峰值信息。不建議修剪：作者明確表示不建議進(jìn)行修剪操作，即對序列進(jìn)行截?cái)嗷蛐藜?。他們認(rèn)為，在給定的bowtie2參數(shù)設(shè)置下，無需進(jìn)行修剪操作即可獲得準(zhǔn)確的比對結(jié)果。這是基于作者的經(jīng)驗(yàn)和測試結(jié)果，他們相信修剪操作是不必要的。